单核苷酸多态性检测技术.ppt

文档介绍：单核苷酸多态性检测技术
内容简介
1
SNP 概念
2
SNP 特点
3
SNP 检测技术
4
实验
SNP 的概念
单核苷酸多态性(Single Nucleotide
Polymorphism,SNP),指由于单个核苷酸碱基的
改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一
条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷
酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,即SNP。
它包括单碱基的转换, 颠换、插入及缺失等形式
SNP在基因组内的形式:
一是遍布于基因组的大量单碱基变异;
二是分布在基因编码区(coding region) , 称其
为cSNP,属功能性突变。

SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的:
(1)非转录序列要多于转录序列
(2)在转录区非同义突变的频率, 比其他方式突变的频率低得多。
SNP 的特点
在遗传学分析中, SNP 作为一类遗传标记得以广泛
应用, 主要源于这几个特点:
(1)密度高 SNP在人类基因组的平均密度估计
为 1\1000 bp , 在整个基因组的分布达 3×106个,
遗传距离为 2~3cM , 密度比微卫星标记更高, 可以
在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标
记。
(2)富有代表性某些位于基因内部的SNP 有可
能直接影响蛋白质结构或表达水平, 因此, 它们可能代
表疾病遗传机理中的某些作用因素。
SNP 的特点
(3)遗传稳定性及微卫星等重复序列多态性标
记相比, SNP 具有更高的遗传稳定性。
(4)易实现分析的自动化 SNP标记在人群中
只有两种等位型(allele) 。这样在检测时只需一个
“+ \- ”或“全\无”的方式,而无须象检测限制性片
段长度多态性,微卫星那样对片段的长度作出测
量,这使得基于SNP的检测分析方法易实现自动
化。
一、 SNPs经典检测方法
一大类是以凝胶电泳为基础的传统经典的检测方法,如:
1 . 限制性片段长度多态性法 PCR- RFLP ;
2 .单链构象多态性法 PCR- SSCP ;
3 . 变性梯度凝胶电泳( dena t ur i ng gradient gel eletrophoresi s DGGE );
4 .等位基因特异性 PCR ( allele specific PCR, ASPCR )等等
PCR-RFLP方法
原理:利用限制性内切酶的酶切位点的特异性,
用两种或两种以上的限制性内切酶作用于同一DN***
断,如果存在SNP位点,酶切片断的长度和数量则会
出现差异,根据电泳的结果就可以判断是否SNP位
点。
特点:该技术应用的前提是SNP的位点必须含有该
限制内切酶的识别位点,它是SNP筛查中最经典的
方法之一.
PCR-RFLP原理图
单链构象多态性(SSCP)
原理:单链DNA 在中性条件下会形成二级结构,不同的
二级结构在电泳中会出现不同的迁移率。这种二级结构依赖
于碱基的组成,单个碱基的改变也会影响其构象,最终会导
致在凝胶上迁移速度的改变。
在非变性聚丙烯酰***凝胶上,短的单链 DNA 和RNA 分
子依其单碱基序列的不同而形成不同的构象,这样在凝胶上
的迁移速率不同,出现不同的条带,检测SNP。
特点:由于该方法简单快速,因而被广泛运用于未知基因突变的检测。这种方法的弊端在于不能确定突变类型和具体位置。