文档介绍：微阵列分析
药物基因组学中的基因表达分析目前主要应用于创新药物研究和开发。同时,基因表达谱已经开始为慢性致命性疾病的药物治疗效应提供预测信息,并指导治疗选择,而寡核苷酸微阵列平台具有应用于药物基因组学研究的潜在优势。
在研究中,基因表达阵列常常采用被标记的cRNAs或长寡核苷酸作为固定探针,以及由类似于半导体工业应用的光刻技术制造的寡核苷酸探针阵列;寡核苷酸探针可直接在微阵列表面合成,还可以应用多空间的完美匹配单碱基-错匹配探针对来查询每一个重要的基因。这种高密度寡核苷酸探针诊断方法可检测出拼接变异种的能力,以及因特殊转录而造成融合基因时产生的特异性嵌合转录(如慢性髓细胞白血病中的BCR-ABL)。
目前有很多种途径来对成千上万的探针强度数据点进行数据分析,最近提出的是临床应用表达类型的最佳实用指导方针。各种全自动化的分析方法(如层次聚类算法与运用自组织图)可供用于确定具有相似表达类型的分组基因之间的关系。同样,还有一些需操作人员监管的分析方法(如支持向量机),可应用同质的PCR检测平台进行药物效应的基因显型检测,以筛选和鉴定最可能有效的患者。
促进肿瘤诊治水平提高
基因的表达差异是药物疗效的基础。基因表达的各种分析方法正在开发过程中,为疾病,尤其是肿瘤的治疗选择提供分子图表类型信息。例如,常见的急性***或儿童白血病
的微阵列基因表达分析可以鉴定与特殊染色体易位或删除有关的分子图表类型,这样可以选择不同的治疗方案。此外,在药物开发期间常规地进行肿瘤组织的基因表达分析,有可能鉴定出能预测药物效应的表达类型。
采用寡核苷酸微阵列的基因组分析可以结合生物信息分析,以精选出对诊断测试开发具有高度预测价值的最精简的不同表达基因,以便可用于低复杂性的诊断化验之中。例如,在预期乳腺癌患者服用他莫西芬的疗效时,将雌激素受体阳性者的基因表达信号减少到两个基因表达比率,有助于开发简单的RT-PCR测试方法。
微阵列(micmarray)包括cDNA微阵列(cDNA microarray)和DNA芯片(DNA chips)。它是近年来发