文档介绍：该【pymol基本操作 】是由【百里登峰】上传分享，文档一共【14】页，该文档可以免费在线阅读，需要了解更多关于【pymol基本操作 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讲的一些例子中不难看出,Pymol的命令都是由关键词(keyword)加上一些变量(argument)组成,格式如下:Pymol>keywordargument:..其中关键词(keyword)当然是必须的,而变量则不是必须的,比如退出命令quit就不需要附加变量:Pymol>quit当然更多的命令通常是需要加变量的,比如放大命令zoom,但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行,这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量,下面两个命令的作用是一样的,其中的目标选择all就是zoom的默认变量:Pymol>zoomPymol>zoomall还有些命令可以带多个参数,比如加色命令color,它的用法如下:Pymol>colorcolor-namePymol>colorcolor-name,selection-expression第一个color虽然只带一个变量"color-name",但其实它包含了第二个默认变量all,所以它的作用是把整个结构变成"color-name"的颜色。第二个color带两个变量,和第一个的区别就是把默认的目标选择变量all变成了"selection-expression",也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成"color-name"定义的颜色。要注意的是,如果一个命令带多个变量,则这些变量之间必须用逗号","隔开。通过这个例子,大家可以发现,有些变量本身是很简单的,比如"color-name",就是一个颜色名字而已,没什么复杂的。另一些则不一样,比如"selection-expression",它可以很简单,也可以非常的复杂。:..这个东东,我称之为选择表达,对Pymol命令的使用非常重要,所以下面要详细的讲一下。选择表达(selection-expression)表示的实际就是一些被选中的部分,它们可以是一些个原子,一些个Helix,一些个Betasheet,或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字,以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母,数字以及下划线[_]组成,但是因避免使用下列符号:!@#$%^&*()'"[]{}\|~`<>?/选择表达由所谓的"selector"加上"identifier"组成,其中"selector"定义了某类属性,而"identifier"则在该类属性下需要被选择的部分。如下例:Pymol>selecttest,namec+o+n+ca其中"name"就是一个selector,它表示在pdb文件中描述的原子的名字;"c+o+n+ca"则是对应的"indentifier",它表示我们要选择pdb文件中名字叫"ca+cb"的原子(ca代表alphacarbon,cb代表betacarbon)。整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为"test",这样我们可以在后面继续使用它。下表列出了大多数的selector:Selector简写Identifier及例子chemical-symbol->selectpolar,symbolo+natom-name->selectcarbons,nameca+cb+cg+cd:..residue-name->selectaas,resnasp+glu+asn+glnresidue-identifier->selectmults10,resi1+10+100residue-identifier-rangePymol>selectnterm,resi1-10alternate-conformation-identifier-listaltalt一些单字母的列表,选择具有2种构型的氨基酸Pymol>selectaltconf,alta+bchain-identifier->selectfirstch,chainasegment-identifier-(最多4位)的列表Pymol>selectligand,segiligflag-(0-31)Pymol>selectf1,flag0type->selecttype1,-(最多4位)的列表Pymol>selectsubset,+HCexternal-index-numberidid一个整数Pymol>selectidno,id23internal-index->selectintid,index23secondary-structure-typessss代表该类结构的单字母Pymol>selectallstrs,ssh+s+l+""下表是另一些Selector,有关比较的:Selector简写Identifier及例子comparison-operatorb-factor-valuebb一个实数,用来比较b-factor:..Pymol>selectfuzzy,b>12comparison-upancy-valueqq一个实数,upancyPymol>selectlowcharges,q>comparison-operatorformalcharge-,用来比较formalchargePymol>selectdoubles,fc.=-1comparison-operatorpartialcharge-,用来比较partialchargePymol>selecthicharges,pc.>-1另外有一些Selector是不需要Identifier的,它们被列在下表中:Selector简写描述all*“可见”:在选择表达中,selector还可以配合逻辑操作子(logicaloperator)使用,这样我们可以表达更加复杂的选择。这些操作子被列于下表中:Operator简写效果与例子选择原子但不包括s1中的nots1!s1Pymol>selectsidechains,!bb选择既在s1又在s2中的原子s1ands2s1&s2Pymol>selectfar_bb,bb&farfrm_ten选择s1或者s2中的原子(也就是包含全部的s1和s2s1ors2s1|s2原子)Pymol>selectall_prot,bb|sidechain选择s1中的那些原子,其identifiers(name,resi,s1ins2s1ins2resn,chain,segi)全部符合s2中对应的原子Pymol>selectsame_atom,,其identifiers(name,resi):..符合s2中对应的原子Pymol>selectsimilar_atom,peptlikeprot选择那些原子,其vanderWaals半径至少和s1的vans1gapXs1gapXderWaals半径相差XPymol>selectfarfrm_ten,resi10gap5选择以s1中任何原子为中心,X为半径,>selectnear_ten,resi10around5选择以s1中任何原子为中心,X为半径,>selectnear_ten_x,,X为半径,并包含在s1中的原子ofs2ofs2Pymol>selectbbnearten,>plete_res,>selectnear_obj,>selectvicinos,。比如你想选择chainb,但是不选择其中的residue88:Pymol>selectchainband(notresi88)在使用多重逻辑选择时,为了让Pymol正确处理顺序,请使用括号,这样最里层括号里面的内容将会被最先处理,以此类推。好了,目标选择就先说到这里。其实关于目标选择还有所谓的“宏”可以用,可以简化表达式,准备下次说说。用法(教程三)byWeiLü-Pymol的选择宏:..上次具体讲了如何在Pymol中怎么用selection-expression选取目标,其实在某些情况下,还可以用Pymol提供的宏来选择操作目标。使用这个选择宏往往可以是一个原本很复杂的表达变得简单紧凑。例如我们想选择2vlo这个pdb文件中的"chaina"中的第100个基团的α炭原子,如果用selection-expression来表达的话是这样:Pymol>selectchainaandresi100andca如果用宏的,可以这样:Pymol>selecta/100/ca是不是觉得简单了很多。好了,下面就来详细讲讲这个宏吧。因为这个宏是用来选择目标的,所以我称之为选择宏,它用斜杠"/"来定义Identifier,并且它使用上次介绍过的逻辑操作子"and"。一个完整的,按顺序的选择宏的表达如下:/object-name/segi-identifier/chain-identifier/resi-identifier/name-identifier之所以说选择宏是有顺序的,是因为Pymol就是靠顺序判断每个斜杠后面的东东都是什么东东。如果再细分一下的话,其实这个选择宏有2种写法,一个是带开头的斜杠,另一个是不带开头斜杠。区别是:如果不以斜杠开头,那么Pymol则认为你的表达式的最后一项就是选择宏的末尾的最后一项,也就是name-identifier。例如:Pymol>showlines,a/100/caPymol>showlines,100/ca如过以斜杠开头,那么Pymol就认为你是从选择宏的表达式的顶端开始的,也就是从/object-name开始的。例如:Pymol>zoom/2vl0ymolrc中加入:#start$HOME/.pymolrcmodificationsingle={'VAL':'V','ILE':'I','LEU':'L','GLU':'E','GLN':'Q','ASP':'D','ASN':'N','HIS':'H','TRP':'W','PHE':'F','TYR':'Y','ARG':'R','LYS':'K','SER':'S','THR':'T','MET':'M','ALA':'A','GLY':'G','PRO':'P','CYS':'C'}#endmodification用法,用single[resn]代替resn:Pymol>+246,single[resn]下面是改进过的图片:是不是看起来好多了,下面是具体的代码,其中关于电子密度图的设置请见下一节:Pymol>selectnear,resi139+229+230+233+246+499+519+520Pymol>ascartoon,proPymol>鼠标操作:显示near的sidechainPymol>rey1,[224,224,224]Pymol>setcartoon_color,grey1Pymol>setcartoon_transparency,:..Pymol>setcartoon_fancy_helices,1Pymol>,("%s%s")%(single[resn],resi)Pymol>进入Editing模式,按住ctrl+鼠标右键移动label到合适位置Pymol>setcartoon_transparency,Pymol>setlabel_font_id,13Pymol>setlabel_size,26Pymol>bg_colorwhitePymol>进入measurement模式测量我们所需要的距离Pymol>setdash_length,Pymol>setdash_radius,Pymol>setdash_gap,Pymol>setdash_color,grey在pymol中导入电子密度图假设我们已经有了一个蛋白质的pdb文件和mtz文件,这样我们就可以用fft(FastFourierTransform)命令生成electrondensitymap,以便在pymol中导入。fft的命令格式如下:fftHKLINXYZINMAPOUT回车后进入fft环境,还需要指定一些参数:LABINF1=FWTPHI=PHWTGRIDSAMPLE5END上诉第2句“GRID...”用来指定生成电子密度图的精细程度。默认值是3,表示生成的“网格”大小是最大分辨率的三分之一,以此类推。回车之后电子密度图就搞定了,名字叫然后就可以在pymol中导入了。首先导入pdb文件,然后电子密度图:首先说明一下,该pdb文件中A链是蛋白质,B链是UDP-Glucose。Pymol>load,proPymol>load你会发现,还看不见density。打开Wizard--Density,怎么样,看见了吧。按住ctrl键和鼠标右键可以移动density,或者点击DensityMapWizard中的"NextRes."和"PreviousRes."。不过显示全部的densitymap并不是我们的目的,因为这样显的很乱,也看不到什么细节。下面的例子是仅仅显示UDP-Glucose的电子密度图。Pymol>removeresnHOHPymol>selectupg,chainbPymol>ascartoon,proPymol>asstick,upgPymol>orient,upgPymol>isomeshupg-d,2fofc,,upg,carve=:..Pymol>setstick_radius,Pymol>setmesh_radius,#让电子密度图的网格细一点,好看效果图如下:上诉命令中,其余设置请见上一节label,和显示电子密度相关的就是isomesh了,它的用法如下:Pymol>isomeshname,map,level[,(selection)[,buffer[,state[,carve]]]]name:给这个meshisosurface随便起个名字。map:就是刚才load的那个2fofc。level:轮廓值,越大轮廓越细。selection:要表达的对象buffer:没用过state:没用过carve:以selection中的