文档介绍：SPM8处理磁共振实验数据说明
数据准备
为方便后续的数据处理,如果数据分散处理后整合,建议所有处理数据路径保持一致,要统一路径。数据转换成SPM解析格式,转换时格式请选择NIfTI, Import模块转换,也可以采用专门的转换软件,如MRIcovert。然后进行数据预处理,预处理结束后到matlab安装目录中备份spm*.ps文件,其中包含了空间校正和标准化的信息,然后进行建模分析。
数据处理流程
Spm8和以往版本一样,,然后将spm8文件夹放在matlab安装目录中,我们一般放在toolbox文件夹中,然后启动matlab用菜单中设置路径命令增加spm8的路径并保存。之后我们运行命令:spm fmri,这样将打开spm8的操作界面,
左上侧的窗口为按钮窗口(button window),左下侧的窗口为输入窗口(input window),右侧大窗口为树形结构窗口或图形窗口(Tree Building Window or the graphics window)。
在spm8和spm5中,每一步处理都采用了直观的“树形结构”的面板,如果一个分支项左面有“+”号,你可以双击显示子分支项, 如果一个分支项右面有“<—X”号,你必须为之指定选项(否则不能运行该tree),分支项的选项在
其右侧面板指定,而帮助信息则在下面的面板中显示。如果我们处理数据没有特殊需求,我们只关心带有“<—X”项目并完成输入即可,其余均可采用默认设置。另外注意在Tree Building Window的顶部菜单,新增了一个菜单项“TASKS”,在使用批处理分析时非常重要。对上图右侧选项我们做如下设置:
1:Slice Timing
Slice Timimg用来校正1个volume中层与层之间获取(采集)时间的差异,对事件相关设计的实验尤为重要。我们在按钮窗口中的预处理面板中点击“Slice Timimg”,将出现如下对话框:
Data,点击data并在下面的面板中点击“new session”,这样在data下会出现“session”的分支项,选中该项并点击面板下方的“select files”,然后用spm文件选择器选择你要处理的数据,最后点击“down”。选择数据时可以把静息态、数值任务和物理大小任务分为三个session来选(data——new session——session),也可以作为一个session来选,结果是一样的。
Number of Slices,我们输入每祯图像的层数,如“32”
TR,输入重复时间,一般为2秒,输入“2”
TA,是每祯图像获取第一层开始到获取最后一层图像的时间间隔,我们输入TR-TR/nslice,可直接输入公式,如我们输入“2-2/32”
Slice order,输入“1:2:31, 2:2:32”。指定层获取顺序的层次序参数是一个含N个数的向量,这里N是每个volume所含的层数。每一个数表示该层在图像(volume)中的位置。向量内的数字排列顺序是这些层的获取时间顺序。如行向量[1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 2 4 6 8
10 12 14 16 18 20 22 24](在Matlab中可表示为[1:2:25,2:2,25]