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ner2012
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烟草基因组中NBS类抗性基因的分析
专业作物学
综述
烟草是一种重要的经济作物,烟草行业一方面能够为国家增加税收,同时对发展国民经济和满足人民生活需要,都起了重大的作用。
烟草作为模式植物,对于植物科学发展来说,无论是在基础研究还是在应用方面都起了很大作用,尤其是在遗传、育种、生理、生化以及采收后代谢方面。
烟草也是研究植物病原互作最好的模式作物之一。抗性基因在植物与病原互作过程中,起到非常重要的作用。所以对抗性基因的研究,无论对植物本身,还是对指导育种都有非常重要的意义。
在烟草基因组测序的背景下,我们对烟草抗性基因进行了一些基础性的研究。
研究过程
烟草基因组的分析
(基于TGI基因组序列)
NBS类抗性基因的
生物信息学分析烟草NBS类抗性基因
遗传多态性分析
NBS类抗性与抗性基因连锁的
基因家族分析 SSR分子标记的开发
关于TGI(o Genome Initiative /)
数据类型
条数/平均长度
累计长度(Mb)
占基因组比例
经甲基化筛选的克隆序列
1,082,523
(5 files)
%
未经筛选的克隆序列
16885+25023
=41908
+
+=
%
BAC克隆末端序列
1628
BAC序列
140,156
(93 BACs)
%
合计
1,266,215
%
拼接去冗余后信息
数据类型
序列条数/平均长度
数量(Mb)
占基因组比例
覆盖功能基因(比例)&
基因密度(个/Mb)
经甲基化筛选的克隆序列
465433
<
<%
2387(%)
(包括BAC序列)
未经筛选的克隆序列
10777+13912
+
+
=
<%
20
BAC克隆末端序列
647
1
BAC序列(5X覆盖)
3,285 (92BACs)
per BACs; per BAC
%
/
/
合计
494054
<
<%
<2408(<%)
所有数据来源
基因组序列:TGI
EST序列:TGI
Genebank
o (European Sequencing of o
Project o/)
TAB (Transcriptome Analysis of BY-2,
/)
RGA( Reistance gene analogue)的背景介绍
I
II
III
IV
V
PK
NBS
LRR
TIR
TM
PK
Pto
Mi/Prf
Xa21
Cf4/Cf9
N
NBS
LRR
LRR
LRR
TM
Representative gene
分析流程
已知的NBS抗
性基因
同源序列搜索
清理
拼接
基因预测
蛋白预测
寻找结构域
系统发育树
已知的NBS类抗性基因
Class
motif
R gene
Plant
Pathigen
Avr gene
Accession
LZ-NBS-LRR
CC NB-ARC LRR5
RPS2
Arabidopsis thaliana
Pseudomonas syringae & maculicola
avrRpt2
Q42484,P49597
LZ-NBS-LRR
TIR NB-ARC LRR9
RPP1
Arabidopsis thaliana
Peranospora parasitica
AAC72979,
LZ-NBS-LRR
CC NB-ARC LRR2
RPP8
Arabidopsis thaliana
Peranospora parasitica
AAC83165,
LZ-NBS-LRR
NB-ARC
RPP13
Arabidopsis thaliana
Peranospora