文档介绍：序列分析软件 DNAMAN 的使用方法简介
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大,使用方便,已成为一种普遍使
用的 DNA 序列分析工具。本文以 DNAMAN Demo version 为例,简单介绍其使用方法。打开 DNAMAN,可以看到如下界面:
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外,有十个常用主菜单,第二栏为工具栏:第三栏为浏览器栏:
在浏览器栏下方的工作区左侧,可见 Channel 工具条,DNAMAN 提供 20 个 Channel,(如左所
示:)点击 Channel 工具条上相应的数字,即可击活相应的 Channel。每个 Channel 可以装入一
个序列。将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入 Channel 中可以节约存取序列时间,
加快分析速度。只需激活某个 Channel,然后打开一个序列文件,则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用 DNAMAN 的过程为例来说明如何使用 DNAMAN 分析序列。
Channel
(1)通过 File Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认 Channel。(初始为
channel1)可以通过激活不同的 channel (例如:channel5)来改变序列装入的 Channel。(2)通过
Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入 Channel 。通过
Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的
性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数。
2. 以不同形式显示序列
通过 Sequence//Display Sequence 命令打开对话框,如下图所示:
根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下:
Sequence &Composition 显示序列和成分
plement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列
Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列
Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列
Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列
RNA Sequence 显示待分析序列的对应 RNA 序列
序列的限制性酶切位点分析
将待分析的序列装入 Channel,点击要分析的 Channel,然后通过 Restriction/Analysis 命令打开对
话框,如下所示:
参数说明如下:
Results 分析结果显示
其中包括:
Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点)
Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图)
Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点)
Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点)
Target DNA (目标 DNA 特性)circular(环型 DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化)
all DNA in Sequence Channel(选择此项,在 Sequence Channel 中的所有序列将被分析,如果选择了 Draw restriction pattern,那么当所有的 channel 中共有两条 DNA 时,则只能选择两个酶分析,如果共有三个以上 DNA 时,则只能用一个酶分析。
选择所需的项目,然后按提示操作点击按扭,出现下列对话框:
参数说明如下:
Enzyme
代表(enzyme data file),点击旁边的下拉按钮,出现两个默认选项, 和 ,
如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制酶列表文件名。其中数据文件包含 180 种
限制酶, 数据文件包含 2524 种限制酶。选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的
显示框中列出(按酶名称字母表顺序),鼠标双击酶名称,则对应的酶被选中,在右边空白框中列
出。要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶(例如 puc18 multiple cloning sites),
然后点击按钮出现下列对话框:
输入要保存酶列表的文件名,点击按钮即可保存。自制