文档介绍：XPLOR安装
-nih-VERSION-IRIX64、xplor-nih-VERSION-Linux、xplor-nih-VERSION-db。
下载地址:-nih/
需要代理,要先注册才可以下载。
,如/opt,命令如下。注意VERSION要换成实际安装的版本号
cd /opt 进入到/opt目录下
tar -xzvf xplor-nih-VERSION- 解压缩
tar –xzvf xplor-nih-VERSION- 解压缩
tar -xzvf xplor-nih-VERSION- 解压缩
cd xplor-nih-VERSION 进入安装目录
./configure 配置xplor
ln -s /opt/xplor-nih-VERSION/bin/xplor /usr/local/bin/xplor 建立快捷方式
4使用以下命令进行检测是否安装成功
bin/testDist
Xplor使用
基本操作
:在命令行中输入“xplor ”就会启动xplor运行文件“”中的指令。输出信息默认显示于屏幕,可以使用“xplor > ”将输出信息存于当前目录下的“”文件中。
:一般在文件开头使用remarks,文件中用!表示注释。Remarks主要是文件本身的说明如文件建立者,存放位置等:
remarks file generate/
remarks Author: Axel T. Brunger
!则是一般性的注释,其后的内容也不会运行。
{}括号内的内容也不会被运行。
:
***@filename 或者@***@filename。但是在循环语句如for循环中必须用@***@filename。
如调用蛋白质结构文件时使用:
structure ***@ end()
其中structure ***@filename end 是调用结构文件的语句,类似的还有:
parameter ***@TOPPAR: end 调用氨基酸参数库
coor ***@ 调用模型
注意:调用pdb文件时没有”end”,因为pdb文件结尾已含有”END”。
Write 要输出的参数 output=文件名 end
例:
write coordinates output= end
write structure output= end
命令:Evaluate ($parname=parvalue)
可以在程序中使用变量如:
Evaluate ($parname=3)
则变量“parname”被付值为3。以后可以使用“$parname”来调用它,如:
Evaluate ($a=$parname+3),命令执行后$a=6;
命令:
Set 环境变量=环境参量值end
其中xplor重要的环境变量有:
Display:输出的信息显示位置,默认显示在屏幕上,等号后是要将输出信息保存到的文件名。
MESSage=OFF|NORMal|ALL 表示是否显示信息。OFF只显示重要输出信息,NORMal显示大部分信息,ALL显示所有信息.
ECHO=ON|OFF
例:
Set Display= End 将运行时的输出信息显示到本目录下的””文件中.
\判断语句
if (判断语句) then
XXX
Elseif (判断语句) then
XXX
Else
XXX
end if
for $1 in ( a b c d e ) loop main
XXX
end loop main
for循环括号中的变量是“$1”要取的值,可以结合原子选择语句来使用。
对原子的操作
do ( 进行