文档介绍：信诺金达-专业服务!
如何对 qPCR 数据进行统计分析
Real-time qPCR 就是在 PCR 扩增过程中,通过荧光信号,对 PCR 进程进行实时检
测。由于在 PCR 扩增的指数时期,模板的 Ct 值和该模板的起始拷贝数存在线性关系,所
以成为定量的依据。由于常规的 PCR 的缺点,real-time qPCR 由于其操作简便,灵敏度
高,重复性好等优点发展非常迅速。设在已经涉及到生命科学研究的各个领域,比如基因的
差异表达分析,SNP 检测,等位基因的检测,药物开发,临床诊断,转基因研究等。
我想做过 qPCR 的研究者用过的仪器也无怪乎 ABI 7000、7300、7500,7700、
7900HT、StepOnePlus TM、StepOne TM、PRISM® StepOne TM 系列;BIO-RAD的 CFX96、
iCycler iQ5®、MyiQ®、MJ Research Chromo4 TM Opticon 系列;Stratagene Mx TM
系列;Roche LightCycler®系列;Eppendorf Masercycler®;Corbett Rotor-Gene TM;
Cepheid SmartCycler® 和 BIOER 的 LineGene 系列。其仪器的设置和数据输出方式基
本类似,相差不大。有过 qPCR 实验经验的研究者可能很快就能熟悉其不同于 PCR 的结果
Ct 值,以及数据的常用运算方法比较 Ct 方法(2-△△Ct)。那么这个数据到底有没有统计意
义呢?这个该如何分析?我们来逐渐了解相对定量 qPCR 的数据统计分析。
首先在数据分析之前,要确保数据的准确性,也就是实验过程的各个部门都要严格操
作,也就是 MIQE 标准(具体可见 Bustin SA et al Clin Chem 55,611-622 2009)。这
些都做到了,那么就可以来分析 Ct 数据了。
统计分析,至少有 3 个数据才可以。那就是在设计实验中,每组至少要有 3 个生物学
重复(也就是 3 个不同的样本)。这个和 qPCR 的 3 个 PCR replicate 是完全不同的概念(这
儿是同一个样本的 3 个重复)。
下面我们就以一个处理分析的实验来做说明如何来数据统计分析。1 个处理组和 1 个
对照组,每组有 3 个样本(也就是生物学重复),来检测某目的基因(target,设定内参基
因为 reference),在这个处理中,目的基因的表达是否受到抑制?同时这个抑制作用是否
有统计学意义。
不管是哪个 qPCR 仪,都可以做此检测,数据也都可以用 excel 表归纳如下:
Group Sample Ct target Ct mean of T Ct reference Ct mean of R
CON sample1
sample2
sample3