文档介绍：虾夷扇贝基因组结构特征和转录殂:芬祈摘要贝和白色闭壳朋虾夷扇贝中差异表达的基因,包括多种结构蛋白、结合蛋白、调缺纯鑫镏值南低撤⑸蜃檠Х治系都存在分歧。传统的系统发生研究主要依赖于化石记录和形态学特征。随着分任何模式及非模式生物,将会极大促进扇贝的遗传学和基因组学研究,为重建物种间进化关系的研究提供海量的分子性状。这里,我们应用—际酰岷拖拗菩阅谇忻傅奶氐悖ɑ竦玫拇罅咳ɑ蜃榉段Х植嫉谋阂纳缺吹淖B甲椴庑蚝头治=唇雍胡萝卜素积累后引起的变化。与栉孔扇贝的比较转录组分析证明了二者在整体水扇贝有大约鱿执嬷郑撬ǹ潜蠢嘀兄匾5囊恢В惴悍植加谑澜绲母大洋中,并且具有重要的经济价值。然而一直以来,许多扇贝种类的系统发生关子生物学及其技术的发展,通过揭示分子水平的变异来研究系统发生时产生了分子系统发生分析,但以往所运用的有限基因包含的信息往往不完整且相互矛盾。新一代高通量测序技术的出现为这种现状带来了转机,因为这些技术可以应用于高通量测序和签序列用于分析系统发生关系。利用此方法,我们首次对扇贝科个物种在全基因组水平上分析了它们的系统发生关系。希望为扇贝进化,多样性保护及资源的可持续利用提供参考。,拼接获得,,获得了,鰑;分类和代谢通路定位表明这些基因涵盖了各个生物学功能和代谢途径,并从中获得了大量生长,繁殖和免疫相关的候选基因。生物信息学预测共获得,鯯和鯯,可用于标记开发。表达谱分析共获得鲈诤焐ū湛羌∠阂纳控因子等。一些基因可能参与类胡萝卜素积累和转运的调控,另一些则可能是类虾夷扇贝基因组结构特征与进化基因组学分析一
血影蛋直、锚蛋白和热激蛋自一取M撇馍嫌蔚骺匾蜃涌赡茉谒ǹ抢嗟慕阂纳缺ɑ蜃榭蚣芡嫉幕嬷,本研究采取全基因组鸟枪法策略,利用新一代高通量测序技术,对虾夷扇贝的基因组进行了从头测序和组装。。基因组覆盖了约%的转录组序和贝的基因组学研究提供了大量基因组序列和结构信息,为了解贝类的进化历史、—鄢吧涠栽卮⌒汪┨仗卣饔虢谢蜃檠Х制硪弧平上的相似性,进一步的同源序列比较获得了隹赡艿目焖俳颍化中发挥重要作用,并且一种分子的变异很有可能导致与之紧密联系的另一些分子的变化。虾夷扇贝的基因组含量为测序总数据量为.,覆盖度达到W樽白艹の,锏列,预测基因总数为,艹,,,。每个基因平均含有鐾庀宰雍个内含子,平均长度分别为。基因的注释效率超过%。反转录转座子、W子以及简单重复序列分别占基因组的ィ.%和ァ1狙芯课O阂纳适应环境的分子机制以及生长、发育、繁殖等生物学基本过程提供了重要的资料。与此同时,我们构建了还构建了一个覆盖虾夷扇贝基因组膄目猓文库的构建是配合虾夷扇贝全基因组序列组装的重要工作之一,将为物理图谱的构建、基因组测序工作的顺利进行、以及遗传图谱、物理图谱的整合奠定基础,同时也是基因染色体定位、图位克隆所必备的资源。关键词:虾夷扇贝;全基因组测序;进化;系统发生基因组学;转录组测序,
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第一章文献综述双壳贝类ナ粲谌硖宥锩氐闾逍纬柿讲喽猿疲前后端延伸,身体由躯干、足和外套膜三部分组成,头部退化,在身体的左右两双壳类最早出现在寒武纪龋,大约有,鱿执嬷帧可调节栖息环境。它们对环境的适应能力很强,除了海岸,还能够生活在淡水、鉴于双壳类在海洋生态系统、水产养殖及食品安全中的重要价值,双壳类基因组学的研究也在进行中。很显然,一个物种的全基因组序列,将为其细致和深入的生物学研究提供基础,是当今其生物学研究的最为强大的工具之一。目前,的全基因组序列侧各有贝壳一枚,贝壳为外套膜所分泌,壳的背缘上有韧带相连,两壳问有一个或二个横纹肌柱,依靠它们的缩张作用可以开关贝壳。其中,牡蛎,蛤,扇贝名列世界水产业的十二大重要物种,是食物的一个重要来源。双壳类动物在它们栖息的生态系统中具有重要的作用,深海及混浊缺氧的半咸水中,尽管这种适应性的分子机制目前还不清楚。由于双壳类具有滤食性,其容易富集贝毒素和有毒物质,被国际上被用于环境监测,但同时对人类食品安全也构成潜在威胁,合浦珠母贝娜ɑ蜃椴庑蛞丫⒈等,我洋牡蛎图谱捶⒈。然而当今的基因组学研究已经不仅仅满足于获得一个孤立的全基因序列,已经具有了许多新的目标和手段,并且正在以各种先进技术为保证的前提下蚆,由单基因或多基因研究向系统生物学的水平转变。期浮毛爵贝基因组结构特征与迸钝基因组学分析
在双壳类基因组中普遍存在。卫星耕鲇诖V馗葱蛄械囊桓隼大部分染色体的区分。缓匾