文档介绍：摘要 (Basic Local Alignment Search T001)和HMM(Hidden Markov Model) 分析,对水稻籼亚种9311全基因组47077个预测基因进行搜索比对,,其中具有完整的NBS区域和富亮氨酸重复区域的共258个(占 47%)。序列结构分析表明,有169个基因的N端存在由20~结构。结构。水稻NBS-L 形成的2条共有序列(consensus sequence)。相对保守区域主要分布在5个主要motif (P—loop、kinase2、、GLPL以及MHD)位置。我们发现水稻两个基因家族在 NBS上游至N端域内中均存在相对保守的基序(ELRELAYDAEDVIDEFxYx),该基序在大约90%。绝大部分NBS区域约为300(±)个氨基酸,但也搜索到NBS区域长达1048个氨基酸的基因。新发现的motif9、motif7、motifl0、motifl、motif8、motif6等也有很强的保守性。域中每个氨基酸的保守程度也不尽相同。(GMGGLGKTT)中除第二和第五位氨基酸的保守性较差外,其余氨基酸保守性均很强,仅发生个别位置氨基酸变异。而GLPL的第二位氨基酸及MHD的第一位氨基酸保守性相对较差。LRR在整个 NBS至C末端序列中均有分布,但多数位于MHD下游大约80个氨基酸左右。 基因中包含LRRs的数目为2~33个,。 12个主要的富亮氨酸重复LRRs,长度在10~24氨基酸之间,这些LRRs序列中大多以两个亮氨酸L之间间隔2个其它氨基酸居多,即LXXLXXL这种重复形式较多。我们还发现一小部分基因中含有特殊的结构,其中8个NBS—LRR基因中存在两个完整的NBS 区域。大约85%基因中发现存在内含子,他们广泛分布于整个基因序列的各个位置。常见的内含子的剪切位置位于激酶2(Kinase2)之前,约占40%左右,但内含子的剪切位点同样显示多样性。将258个NBS—LRR基因的NBS区域, 开始前大约lO个氨基酸至MHD domain之后大约30个氨基酸左右的基因蛋白序列用来形成系统亲缘树。当取bootstrap值大于75%作为分组依据时,这些基因共形成88组。 NBS-LRR基因水稻的NBS基因形成不同的分枝,说明这些基因同水稻基因之间在序列 IV 上存在相当的保守性。L基因家族成员Atl933560,暗示这些基因起源于共同的祖先。 —,分别鉴定出25种和16种最优密码子,而且这些最优密码子完全不一致。,说明该基因家族的密码子使用特点受物种自身的影响很大。而且水稻和拟南芥的各 NBS—LRR基因家族成员间密码子使用上发生偏向的程度不尽相同。同一物种内基因家族对密码子的使用也存在一定变异性。密码子发生强烈偏向使用的是以G或c结尾的密码子,而拟南芥中则是以A或T结尾的密码子。密码子中位于第一、三位的G+C含量明显高于第二位的G+C的含量。最适密码子使用频率Fop(Frequency ofoptimum codons 1 与基因的G4C含量,第三位密码子的G+C百分含量GC3 s、以及物种特定的密码子适合性因子CAI呈现极显著相关。 ,鉴定出 276个非NBS—LRR抗性基因,%。在各类基因家族中鉴定出10—12个相对保守的序列区域。对全部水稻抗性基因(534)在染色体上的分布进行统计表明,260个抗性基因组成88个基因簇,其中异质基因簇15个,其它为单身。本研究剖析了水稻基因组中抗性基因的类别、分布及结构等特点,有助于研究基因的功能和进化,为进一步克隆新的抗性基因提供重要信息和依掘。关键词:水稻,全基因组,抗性基因,结构,分布,NBS—LRR基因,进化,密码子用法 Abstract analysis ofNBS—LRR—encoding genes inindicarice(Oryza sativa LJ By BLAST(Ba