文档介绍：2017-1-9读书报告汇报人:李小阳 2103 年1月4日病毒宏基因组学概述及其应用研究背景宏基因组学简介病毒宏基因组学研究策略与技术路线研究成果与前景展望 Here We Go! 2017-1-9一大难题 virus A virus B virus C BACTERIA virus D 在人类生产生活中,致病的微生物众多,其中病毒性疾病占据大多数,而现有的诊断方法不可能囊括所有的病毒。因此,从宏观上把握致病性病毒的潜在数量种类以及致病机理变得尤为重要。 2017-1-9 案例 1: Electron micrographs of the human fecal sample. (a) Rod-shaped particles negatively stained with potassium phosphotungstate in 2003. (b) Icosahedral (open arrows)and short rod-shaped particles (filled arrow) recently stained with ammonium molybdate, from the second fraction of the sucrose gradient. Scale bars = 50 nm. 2013 年6月巴西圣保罗阿道夫?鲁茨研究所的西尔瓦娜等人利用病毒宏基因组学对人面部潜在微生物进行研究。案例 2: 2002 年 Breitbart 应用鸟枪测序法( shotgun sequencing )首次对美国加州海岸的 2处海洋中病毒群体进行研究,发现 374-7114 个潜在的新病毒。遗憾的是无法对其进行归类。两个案例病毒宏基因组学何以横空出世四大瓶颈很多病毒缺乏特异的细胞系或者生长过程中观察不到细胞病变(CPE) 。用电镜来观察病毒其灵敏性相对较低。血清学反应,高效的特异性抗体很难获得,有的出现交叉反应而影响结果。 PCR 法必须基于基因序列,对于未知序列的病毒和变异性大的病毒此法难以实施。宏基因组学宏基因组学研究的对象是特定环境下所有生物遗传物质的总和,它包含了可培养的和不可培养的微生物的基因总和。研究热点:细菌和病毒宏基因组学。宏基因组学(Metagenomics) 是将环境中全部微生物的遗传信息看作一个整体, 自上而下地研究微生物与自然环境或生物体之间的关系。宏基因组学(Metagenomics) 是将环境中全部微生物的遗传信息看作一个整体, 自上而下地研究微生物与自然环境或生物体之间的关系。 2017-1-9病毒宏基因组学病毒宏基因组学:宏基因组学的一分支,指研究特定环境中的病毒群落一门学科。应用解释未知病因挖掘新的活性物质分析特定环境中的病毒群落发掘潜在的新的病毒性疾病病毒宏基因组学 2005 年,Edwards 首次提到病毒宏基因组学这一概念,其描述的是环境中的病毒群落—噬菌体。 2007 年, Delwart 再次提到病毒宏基因组学这一概念,并对宏基因组学挖掘新病毒的方法进行了阐述; 该文侧重于人和动物机体中的真核病毒群落。最早应用宏基因组学理论分析病毒群落的科学家是 Breitbart 教授,他于 2002 年应用鸟枪测序法( shotgun sequencing )首次对美国加州海岸的 2处海洋中病毒群体进行研究,发现 374-7114 个潜在的新病毒。 2006 年, Zhang 等应用宏基因组学在人的粪便中发现了大量的植物病毒。 2010 年, Li 等分析了蝙蝠粪便中的病毒群落。该研究发现了大量新的哺乳动物病毒和昆虫病毒。 2017-1-9研究策略与技术路线样品的处理遗传物质的分离与富集构建文库宏基因组学文库的筛选序列分析 2017-1-9研究策略与技术路线解冻稀释离心过滤消化样品的处理 VIS:Very Important Step