文档介绍：新型鸭病毒性肝炎病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及应用
报告人:王梓
鸭病毒性肝炎(Duck Viral Hepatitis,DVH)是由鸭病毒性肝炎病毒(Duck Hepatitis Virus,DHV)引起雏鸭的一种以肝脏为主要病理变化的急性、高度致死性、接触性传染性疾病。鸭病毒性肝炎在临床上以发病急、传播迅速、病程短、高死亡率为主要特征,该病主要侵害4周龄以内的雏鸭,10口龄以内的雏鸭的死亡率高达90%~95%。
DHV的历史与分布
鸭肝炎病毒(DHV)包括三个血清型,分别引起Ⅰ型, Ⅱ型和Ⅲ型鸭病毒性肝炎。其中Ⅰ型鸭病毒性肝炎呈世界性分布。我国流行的鸭病毒性肝炎主要为Ⅰ型鸭病毒性肝炎,近年来陆续有新型鸭病毒性肝炎发现三个型之间无抗原相关性,没有交叉保护和交叉中和作用。DHV最早发现是在1945年由Levine在美国发现了Ⅰ型鸭病毒性肝炎。该病呈世界性分布,曾在加拿大、意大利、法国、日本、美国和埃及等地流行、在我国广东、北京、浙江、福建、四川、安徽、广西、江苏、山东等地相继发生该病、目前几乎世界范围内主要养鸭地区均存在该病,给养鸭业带来了巨大的经济损失。
Ⅱ型鸭病毒性肝炎是1958年首先爆发于英格兰诺福克鸭场,其他地区未见本病的报道。Ⅲ型鸭病毒性肝炎是1969年首次发现于美国纽约长岛地区。1999年,苏敬良等和黄安国等在北京和广西等地在3~13日龄疑似鸭肝炎的北京鸭和樱桃谷鸭上分离到两株与I型和III型DHV无血清学交叉免疫反应的DHV,认为出现了新的血清型,并将其命名为新型鸭肝炎病毒。新型鸭病毒性肝炎的基因组与I型结构相似,但比I型DHV基因组稍大。同时,发现高变区主要存在于VP1和VP3基因、在VP1,VP3基因上存在多个T细胞抗原表位和B细胞抗原表位,VP1基因的变异致使不同血清型DHV抗原性发生改变。
DHV的生物学特征
2006年Kim M C报道了I型DHV的全基因组序列,2007年Tseng C H报道了DHV-1型变异株全基因组序列,为DHV的研究做出了新的突破。DHV与其他小RNA病毒相比,DHV基因组具有一些特殊的结构特征,TsengC H等建议将I型DHV归为小RNA病毒科一个新的独立的属。,为进一步揭示DHV基因组的结构和功能及防控该病提供了良好的技术平台。I型DHV基因组大小约为7,690nt,编码2,249aa、具有一个较大的开放阅读框(ORF),在基因组RNA两端各有一段保守的非编码区,I型DHV全基因组结构依次为:5'UTR(626nt)-VPO-VP3-VPl-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3'UTR (314nt),5'UTR内含有病毒翻译起始所必需的内部核糖体进入位点(IRES)
非编码区
I型DHV基因组5‘UTR长626 nt ,内含病毒翻译起始所必需的内部核糖体进入位点(IRES)。在各病毒属不同血清型之间,小RNA病毒IRES元件的序列和二级结构具有保守性,是病毒存活所必需的。小RNA病毒的IRES分为3个型,I型IRES的病毒包括肠道病毒属和鼻病毒属,心脏病毒属、口疮病毒属,双埃柯病毒属的IRES属于II型IRES;甲肝病毒属的IRES属于III型IRES。通过对I型DHV的RNA级结构预测表明,I型DHV的5’UTR可能含有II型IRES的颈环结构而没有I型的三叶草结构,
据此推断I型DHV的5’UTR区域会形成II型的IRES
I型DHV的3’UTR长为314-317nt,新型DHV长366nt,这在小RNA病毒基因组中是最长的。有学者报道,I型DHV的3’UTR形成了5个发夹结构,参与病毒的复制,但它是否与宿主特异性有关还需进一步研究。病毒的3’端poly(A)尾作为病毒RNA的负链合成起始位点,其长度与负链RNA的合成效率及病毒RNA的感染能力有关。
编码区
DHV包含一个大的ORF,编码一个多聚蛋白,多聚蛋白在翻译过程中不断被自身编码的蛋白酶水解,从而分解成P1、P2和P3产物,P1、P2和P3又进一步分别分解为VP0 -VP3 -VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D、I型DHV的多聚蛋白的切割位点预测的结果是:VP0/VP3和3C/3D的切割位点为:Q/G;2A3/2B,2B/2C ,2C/3A,3A/ 3B以及3B/ 3C的切割位点为Q/S;VP3/VP1的切割位点为Q/M。多聚蛋白水解产生的多肤数量主要由以下因素决定:
(1)基因组是否存在L蛋白。
(2)VP0是否水解为VP4和VP2。
(3)2A蛋白的数量。其也是小RNA病毒的基因组在不同的种属之间存在的差异所在。
小RN