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基于贝叶斯网络模型的基因调控网络的构建的中期报告.docx

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基于贝叶斯网络模型的基因调控网络的构建的中期报告.docx

上传人:niuww 2024/4/14 文件大小:10 KB

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文档介绍

文档介绍:该【基于贝叶斯网络模型的基因调控网络的构建的中期报告 】是由【niuww】上传分享,文档一共【2】页,该文档可以免费在线阅读,需要了解更多关于【基于贝叶斯网络模型的基因调控网络的构建的中期报告 】的内容,可以使用淘豆网的站内搜索功能,选择自己适合的文档,以下文字是截取该文章内的部分文字,如需要获得完整电子版,请下载此文档到您的设备,方便您编辑和打印。基于贝叶斯网络模型的基因调控网络的构建的中期报告本次中期报告将介绍基于贝叶斯网络模型构建基因调控网络的进展情况,包括数据预处理、网络结构学****和网络分析等方面。一、数据预处理数据预处理是基因调控网络构建的关键步骤之一。本次研究使用的数据集为人类肝癌中的基因表达数据和转录因子结合位点数据(ChIP-seq数据)。首先对基因表达数据进行预处理,包括去除低表达基因、标准化和对数转换等步骤,以提高后续网络构建的准确性。随后,将ChIP-seq数据转化为二进制矩阵,其中每行代表一个基因,每列代表一个转录因子,在该矩阵中,若某个转录因子与某个基因存在结合关系,则该矩阵对应位置的值为1,否则为0。二、网络结构学****基于预处理后的数据,本次研究采用了基于贝叶斯网络模型的方法进行网络结构学****该方法通过计算基因间的条件概率分布来推断基因之间的关系,并构建概率图模型。在网络构建过程中,需要设定一个先验结构,本次研究采用了经典的“父节点和子节点相互连接”的先验结构。基于此先验结构,利用最大后验概率(MAP)方法进行网络结构学****具体来说,利用马尔可夫链-蒙特卡罗(MCMC)采样方法对后验概率分布进行计算和优化,并找到最优的网络结构。三、网络分析在网络分析阶段,本次研究将重点关注以下几个方面:网络的拓扑结构、节点的功能、模块发现和网络的稳定性。拓扑结构分析主要关注网络中基因之间的相互作用关系,包括网络中基因的入度和出度分布、网络的平均路径长度和聚类系数等指标。节点的功能分析主要关注控制网络中传递信息的重要节点,通过计算节点的介数中心性和度中心性等指标对节点的功能进行评估。模块化分析主要关注网络中的功能模块,通过计算模块度等指标对网络进行分析。网络稳定性分析主要关注网络受到细微扰动的稳定性,使用自回归模型等方法对网络稳定性进行评估。总结:目前,本次研究已经完成了基因表达数据的预处理,ChIP-seq数据的转换以及网络结构学****等步骤,正在进行网络分析的深入研究。在后续的研究中,将继续完善网络分析的方法,并寻求更加精确可靠的基因调控网络构建方法。