文档介绍：熟悉又贴切的大木博士再度出现在我们的面前。
经过开场的介绍,以及人物的选择我们重新回到城都联盟!
下楼与妈妈对话完毕后就可以查看自己的背包、训练卡、以及保存和设置了
走出家门,呼吸着若叶镇新鲜的空气,一只可爱的玛丽露迎面跑向主角。呀,原来是副主角的宝贝哦~看着它幸福地跟着主人离开……
回归正题,来到博士研究所,与我们的空木博士调侃一番后,该选择我们旅行的神奇宝贝搭档了。离开时博士的助手赠送主角5个伤药。
回家向妈妈道别,并且获得口袋手表。然后我们就应该朝西边的29号道路出发吧!临行前空木博士将自己的电话号码告诉主角。29号道路可获得伤药。
通过29号道路到达吉野市,在一位老爷爷的引导下,大致了解了这座城市。随后从老爷爷那里获得跑鞋,按B键可以奔跑。在朝30号道路行进时,老爷爷过来将地图功能加入到主角的手表。
30号道路可获得伤药,路途的房屋里的男子对话可获得ぼんぐりケース柑果盒,此后即可在柑果树上采摘柑果了。由于左边道路有两个小孩子在对战,先向右边的小道前行,进入房屋遇见大木博士,随后他身边的男子给予主角ふしぎなタマゴ不可思议的蛋,并从博士那获得神奇宝贝图鉴后离开。出门接到空木博士电话,要求速速返回。
在返回的途中遭遇红发少年,并向主角发起了挑战!

回到研究所得知神奇宝贝被盗,POLICE录完笔录后,给犯罪的红发少年起名字。并将之前获得的不可思议的蛋交给博士。

在29号道路路口,与带着玛丽露的副主角相遇,他会细心的教你捕捉神奇宝贝,并且给予5个宝贝球。
此时原先挡在30号道路的两个男孩已经散开。从现在开始每遇到一个训练员,在对战结束后对方都会有一定几率要求登记电话号码,登记的话今后他则可能拨电话找主角再次挑战。
31号道路可获得伤药、宝贝球。接下来就是桔梗市,玄关处又遇见副主角,然后获得对战记录器。
桔梗市左下方的民房内的男子,可用喇叭芽与他交换大岩蛇。
接下来走过架设在河岸的拱桥来到喇叭芽塔。
喇叭芽塔内训练师的神奇宝贝主要都是喇叭芽,可获得的道具为麻痹药、命中胶囊、伤药、穿洞绳。
来到顶层,遇见红发少年,看起来似乎被打败了?
QUOTE:
喇叭芽塔主持
神奇宝贝:Lv7 喇叭芽、Lv7 喇叭芽、Lv10 咕咕。
胜利奖励:TM70 - 闪光
恢复一下体力准备挑战桔梗道馆,该道馆使用的为飞行系神奇宝贝。
QUOTE:
馆主- 阿速
〇神奇宝贝:
   LV9 波波:撞击+扔沙
   LV13 比比鸟:羽休+撞击+起风
〇胜利奖励:
   飞翼徽章、TM51 - 羽栖
离开道馆时接到博士的电话,要求到旁边的商店找他的助手,与他对话可获得一个神奇宝贝蛋。
出门与一名舞姬对话后,向左边的36号道路前行,与胖子对话获得HM06 - 碎岩。
由于左边道路被胡说树阻挡,所以先通过未知图腾遗迹来到32号道路。路上一位大叔会送给主角奇迹种子,道路上还可获得驱虫剂、TM09、超级球。32号道路神奇宝贝中心内的垂钓者那可获得破旧的钓竿。
进入山洞隧道,1F可获得物攻胶囊、超级球、清醒药,2F可获得TM39、防御胶囊。
穿过山洞和33号道路,即将到达桧皮镇时,在呆呆兽井处遇见一名大叔与火箭队成员在争执。
先前往桧皮镇左上方的房屋,与制作宝贝球的达人—钢铁先生对话,说完钢铁先生就冲出了房外去找火箭队的人了。
此时来到之前被挡住的呆呆兽井,消灭里面的火箭队成员后钢铁先生也赶到了,为了感谢主角拯救了呆呆兽井,钢铁先生答应以后可以为主角用圆柑果制作宝贝球。
接下来准备挑战桧皮道馆,该道馆使用的为昆虫系神奇宝贝。从这个道馆开始就会有相关机关的设置。
先走左边的蜘蛛机关;然后再从中间直接坐着蜘蛛机关到左边蓝色遥杆处,按下蓝色遥杆再返回。
最后将红色遥杆按下即可到达馆主那里。
QUOTE:
馆主- 阿笔
〇神奇宝贝:
   Lv 17 飞天螳螂蜻蜓返+蓄气+电光石火+瞪眼
   Lv 15 铁甲蛹撞击
   Lv 15 铁壳昆毒针
〇胜利奖励:
   昆虫徽章、TM89 - 蜻蜓返
告别桧皮镇,朝着桐树林进发!不过在那之前还要收拾掉红毛小子。
使用神奇宝贝为:Lv 14 鬼斯、Lv 16 超音蝠、Lv 18 初始精灵
进入桐树林。遇到一名男孩,他请求主角帮忙找回他的大葱鸭。
需要捕捉两只大葱鸭,而且必须要绕到它的身后才能抓住!另外要特别说明的是,踩到树林地上的枯枝时会被它觉察,可以利用这个要素引开它的注意。
具体方法是:前一个葱鸭让它在左下角头朝下,后一个葱鸭让它在右上角头朝右即可
找回两只大葱鸭后,有一名男子会给主角HM01 - 砍树。
砍掉阻挡道路的树继续前行,与一个胖子对话,可以通过他神奇宝贝学会头突的技能,可以用于撞树。随后遇见之前的舞