文档介绍：《R语言及Bioconductor
生物信息学应用》 ----一本已经面世的R红宝书
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《R语言在生物信息学中的应用》
《R语言在生物信息学中的应用》
本书的编写在国内国际都是一个创新
本书特色
从实际课题出发,提出解决这个问题的思路,结合用到的原理或基础知识,但更偏重整个解决问题的框架和流程,选用一种简单易学但功能强大的语言,把讲解延伸到具体程序代码,让读者100%经历整个课题研究过程。
最大的创新点是:实际课题直接来自已发表的SCI文章,全部都是真枪实弹,不杜撰所谓“实际应用”。国内外尚未见到与SCI文章紧密结合的生物信息书籍。
本书是多名R领域专家(全部都是一线科研工作者)通过互联网联手写作。在前期网上调研的基础上,尽量在本书内突出大多数人普遍关心而又难找相关资料的问题。
所见即所得,学到的知识可以通过简单编程(仅仅代码拷贝粘贴)加以实现,印象深刻,学了不会忘。提出三板斧学****法,让无基础的人也能编程。
本书作者通过QQ群直接面向读者答疑,并且共享了大量的参考资料和****题答案。使用正版书籍的读者都可以入群享受最好的服务。不在书中罗列基础知识凑字数,也不使用光盘,既能减轻读者负担,又能保护环境。
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详细目录
第一章 R基础知识 4
什么是R 4
R语言的起源 4
R语言的特点 5
R语言的主要用途 7
R语言的应用现状和发展趋势 10
R的下载与安装 12
主程序的下载与安装 12
扩展包的下载与安装 14
R语言的集成开发环境 16
R主程序和扩展包的管理与升级 19
R语言快速入门 21
从哪里入手开始学****R 21
三板斧搞定R语言 21
一个例子来说明三板斧 22
一些简单的语法知识 23
什么是编程 23
变量 23
函数 24
综合案例 25
本章源代码详解及小结 25
例1-1 25
例1-2 26
例1-3 27
例1-4 28
小结 30
参考文献: 31
详细目录
第二章生物信息学基础知识 4
-生物信息流 4
生物大分子 4
中心法则 7
基因组、转录组和蛋白质组 8
非编码RNA和microRNA 9
10
DNA测序技术 10
第二代测序技术的应用领域 12
序列分析 13
序列比对和相似性搜索 14
分子进化和系统发生树 15
17
17
基因表达数据分析 18
19
20
22
、统计与可视化 22
注释与ID映射 23
统计与可视化 23
参考文献: 24
详细目录
第三章 R在生物信息学中的简单应用 2
一个序列分析课题 2
课题背景 2
研究目的与实验设计 2
数据获取与处理流程 3
用R包(非bioconductor)实现课题 4
定义全部函数(例3-1) 4
课题实现 13
源代码详解与小结 16
用R包(bioconductor)实现课题一 21
重新设计数据处理流程和全部函数(例3-2) 21
课题实现 25
26
用R包(bioconductor)实现课题二