文档介绍：Reviews and Monographs 综述与专论
生物化学与生物物理进展
Progress in Biochemistry and Biophysics
2009, 36(8): 968~977
拷贝数变异的全基因组关联分析*
孙玉琳刘飞赵晓航**
(中国医学科学院北京协和医学院,肿瘤医院肿瘤研究所,分子肿瘤学国家重点实验室,北京 100021)
摘要基因组拷贝数变异(copy number Vs)是指与基因组参考序列相比,基因组中≥1 kb 的 DNA 片段插入、
缺失和/ 或扩增,、可遗传、相对稳定和高度异质性等特点,目前
Vs 是一种新的可以作为疾病易感标志的基因组 DNA 多态性,
近,Vs 的新的疾病易感基因鉴定策略———CNV 全基因组关联分析开始出现,这一策略和传统的基于单核苷酸
多态性的关联分析具有互补性,通过认识基因组结构变异可以认识复杂疾病的分子机制和遗传基础.
关键词拷贝数变异,全基因组关联分析,单核苷酸多态性,遗传标志,复杂疾病
学科分类号 Q39,Q75 DOI: .
目前,以第三代遗传标志———单核苷酸多态性是一种重要的疾病易感变异,能引起疾病或增加复
(single nucleotide polymorphism,SNP)为基础的全杂疾病的发病风险[1, 4].因此,在随后的两年中,多
基因组关联分析(genome-wide association studies, Vs 分析结果相继出
GWAS)已经成为研究常见复杂疾病遗传易感性的现,“CNV 全基因组关联分析(CNV association
,利用这一方法人们已经成功 analysis)”的概念也日趋成熟[5].Vs 的人
地将上百个临床表型与常见序列多态联系起来,鉴 V 全基因组关联分析的研究策
定了 200 个以上的疾病易感基因或染色体相关区略和方法及其在疾病易感基因鉴定中的应用等问题
,人们随后惊讶地发现,这些位点或区段简要综述.
仅仅能够解释大约 2%~15%的疾病家族聚集性原
Vs 的人群遗传学特点
因[1].人类遗传学研究面临的另一个挑战是如何解
释其余的遗传变异,甚至是散发性疾病的分子 Vs V 全
基础. 基因组关联分析的基础.
早在 20 世纪 80 年代,人们已经发现基因组中在基因组中的分布特点
年, 根据基因组变异数据库[2](database of genomic
Iafrate 和 Sebat 各自所在的研究小组首次在人类基 variants, DGV, /) 的统
因组中描述了拷贝数变异(copy number variations, 计,截至 2008 年 11 月 10 日,基于 NCBI build 36
CNVs)的存在[2, 3].它是指与参考序列相比,基因组 Vs 总共为 19 792 个,
中≥1 kb 的 DNA 片段插入、缺失和/ 或扩