文档介绍：第 29卷第 5期计算机应用与软件 Vol
2012年 puterApplicationsandSoftware May2012
计算方法预测 microRNA研究进展
万琳霞1 丁建栋1 关佶红2
1(复旦大学计算机科学技术学院上海 200433)
2(同济大学计算机科学与技术系上海 201804)
摘要 microRNA(miRNA)是一类内源性、长度为 19-24个碱基的非编码小分子 RNA。它在调控动植物的基因表达、生长发育
等方面起着重要的作用。现阶段寻找 miRNA的方法主要分为实验方法和计算预测两大类,其中,实验的方法很难测定表达量偏低
或者特异表达的 miRNA,也不适合进行基因组范围的发现。而计算预测的方法则恰好可以弥补这些不足。总结近几年计算预测
miRNA的方法,归纳为三类,分别是基于同源性比较的方法、基于机器学习的方法和基于高通量测序的方法。最后对 miRNA计算
预测方法未来的发展方向作出了探讨。
关键词 microRNA 计算方法预测同源性比较机器学习高通量测序
中图分类号 TP18 文献标识码 A
PUTATIONALAPPROACHESTOIDENTIFYMICRORNA
WanLinxia1 DingJiandong1 GuanJihong2
1(puterScience,FudanUniversity,Shanghai200433,China)
2(puterScience,TongjiUniversity,Shanghai201804,China)
Abstract microRNAs(miRNAs)aresmallnon
,there’remainlytwodifferenttypesofapproachestoidentifymiRNAs,oneisexperimental,the

sue
approachesproposedformiRNAidentification,whichcanbegroupedintothreecategories:homologymethods,machinelearningmethodsand
,thearticleexpressessomeopinionsaboutthepotentialtrendofmiRNAidentification.
Keywords putationalidentification Homologysearch Machinelearning Deepsequencing
自 1993年第一个 miRNAlin4在线虫中被发现以