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转录组分析刘志强.pptx

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转录组分析刘志强.pptx

上传人:wz_198613 2019/2/22 文件大小:90 KB

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文档介绍

文档介绍::一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和。转录组学:是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。简而言之,转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。(EST)(1)原理EST是从一个随机选择的cDNA克隆进行5’端和3’端单向一次测序获得的短的cDNA部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在数据库中其长度一般从20到7000bp不等,平均长度为360±120bp。EST来源于一定环境下一个组织总mRNA所构建的cDNA文库,因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。(2)操作流程组织样品mRNA的提取→逆转录合成cDNA→构建cDNA文库→测序(3)表达序列标签测序在转录组中的运用通过对cDNA文库EST分析可以揭示用以构建cDNA文库的相应组织或细胞中mRNA的真正水平,因此可以通过大规模的EST分析研究表达图谱,以此得出特定组织类型在特定生理状态或是特定的发育阶段下基因表达情况。(SAGE)(1)原理基因表达系列分析(SAGE)是通过快速和详细分析成千上万个EST来寻找出表达丰富度不同的SAGE标签序列。在此方法中,通过限制性酶切可以产生非常短的cDNA标签,并通过PCR扩增和连接,随后对连接体进行测序。(2)(dT)为引物反转录合成cDNA,以一种限制性内切酶(锚定酶),分别连接接头A或接头B。***段,混合并连接两个cDNA池的短cDN***段,构成双标签后,,抽提双标签片段并克隆、(3).基因表达系列分析(SAGE)、全范围提取生物体基因表达信息,对已知基因进行量化分析。。。,能够直接读出任何一种类型细胞或组织的基因表达信息。(MPSS)(1)原理大规模平行测序技术(MPSS)是以DNA测序为基础的大规模高通量基因分析新技术,通过标签库的建立、微珠与标签的连接、酶切连接反应和生物信息分析等步骤,获得基因表达序列