蛋白质序列分析.ppt

文档介绍：蛋白质序列分析蛋白质序列分析教材Page84~96蛋白质序列分析教材Page138~152生物大分子结构数据的浏览(RasMol软件)教材Page175~184蛋白质结构的同源模建下次课上机实****蛋白质序列分析的主要内容蛋白质序列检索蛋白质序列比对蛋白质基本性质分析蛋白质功能预测蛋白质结构预测蛋白质分子进化分析蛋白质分子设计(比如药物设计)蛋白质组学分析数据库+软件蛋白质序列分析1、蛋白质序列检索2、蛋白质序列比对3、蛋白质基本性质分析4、蛋白质功能预测5、蛋白质结构预测(一)、蛋白质序列检索蛋白质序列分析举例:家蝇抗菌肽(antimicrobialpeptide)研究假设核酸序列检索没有发现家蝇defensin的编码序列。由于家蝇属于双翅目(Diptera)昆虫,我们可以通过NCBI的蛋白质序列检索,寻找多种昆虫防御素的氨基酸序列,尤其是双翅目昆虫防御素的氨基酸序列。然后进行氨基酸序列的多序列比对,找出昆虫防御素的保守区域,根据保守氨基酸序列,设计简并引物,然后尝试从家蝇总RNA中反转录(RT-PCR)扩增目的基因片段。ProteindefensindipteraAll:242点击索引号的链接便可得到相关的蛋白序列,比如我从中选取了十条(按蚊、伊蚊、果蝇等)。(二)、蛋白质序列比对昆虫(双翅目)防御素多序列比对接下来,我们利用综合性序列分析软件(比如DNAMAN)对这10条昆虫defensin序列进行多序列比对,找出它们的保守氨基酸序列。多序列比对