文档介绍：Forpersonaluseonlyinstudyandresearch;mercialuse关于LAMMPS输出【Output】的问题 zz (2012-05-2310:58:32)转载▼标签: 杂谈谈谈关于LAMMPS输出【Output】的问题2009-09-2519:40无论任何模拟,我们都是想从模拟中得到我们想要的数据【data】,然后分析这些数据,从而提取出相关的信息【MAYBE新的发现】,那么数据的输出是必然的一道程序,下面谈谈LAMMPS软件是如何输出data。LAMMPS中处理的输出数据主要分一下三个大的部分:,这个主要是为了防止模拟过程中出现意外,比如实验室或机房突然断电,程序部分阶段有错误等等。,这些量一般是体系中各个原子的集体行为量,比如温度,,如我们想得到的轨迹文件对应于上面的三大部分,LAMMPS设置了不同的命令,有些命令结合在一起实现相关的功能。,原始数据,LAMMPS主要有一下命令进行数据的输入输出。read_data,read_restart【读入】,restart,write_restart【输出】,如果能灵活运用这几个命令,会让你的模拟在突发事件下得到经济上的收获。其中命令里有两类通配符,*表示时间步,%表示CPU编号。,也就是所谓的thermodynamicoutput,这些量是面向于系统的,而不是面向于某一类,某一组,原子的。一般是系统宏观信息的数据。处理这些数据的命令主要有如下几个thermo,thermo_modify,thermo_style[这个命令对于初学者要认真研究和调试],还有相关的把单原子信息转换为【globalquantities】的辅助命令:fix ave/time,fixave/putereduce这些命令可以自己设定输出的频率,文件名等等。pute/fix/variable命令结合进行数据的处理和输出是个大学问,这个需要不断的调试才能熟练掌握。pute和少数关于数据处理的fix可以节约你大量后期数据处理的时间。。相关命令主要有dump,dump_modify,,呵呵。4。echo,print,fixprint结合variable可以用于调试你的脚本,纠错。,用于输出setforce,group原子于其他相互作用力#------------------------------------------------------------------------------------fix                   3                fx   equalf_3[1]variable             fy   equalf_3[2]variable             fz   equalf_3[3]fix                   4tetrasprint1"--${fx}   ${fy}   ${fz}--"#------------------------------------