miR29b微RNA定位序列的素数组合规律.doc

文档介绍：miR29b微RNA定位序列的素数组合规律
(作者:___________单位: ___________邮编: ___________)
【摘要】目的:探讨miR29b微RNA定位序列的编码机制。方法:按照碱基堆积力和微RNA非编码性质,对碱基进行四进制数字编码:AUGC/0123;并且运用公式:N mod 4 = R对微RNA序列进行模数运算和结构分析。结果:发现miR
29b微RNA的定位序列aguguu 具有素数组合规律。结论:微RNA细胞内分子邮编可能按照素数组合规律编码。
【关键词】微RNA;定位序列;细胞邮编;素数组合
[ABSTRACT] Objective: To investigate code mechanism in localization sequence of miR29b micro RNA. Methods: In accordance with the power of base stacking and the noncode nature of microRNA, the quaternary digital coding of nucleotide bases, AUGC/0123, was chosen. The microRNA sequence was analyzed by the modular formula:N mod 4 = R. Results: It showed the hexanucleotide localizational sequence of miR
29b was binatorial structure of prime numbers. Conclusion: The coding mechanism of cellular zip code of microRNAs may obey binatorial principle of prime number.
[KEY WORDS] MicroRNA; Localization sequence; Cellular zip code; bination
寻找生物分子计算(puting)机制[1,2],预测生物分子亚细胞定位分布,是数学生物学研究新领域。引导生物分子细胞内分布的定位组(Localizome),如信号肽,又称为细胞内分子邮编(cellular zip code)。微RNA(一般21~23个核苷酸)参与基因的时序调控作用和程序性信号转导,通常与靶基因序列密切相关。但是miR29b微RNA末端的六核苷酸序列aguguu亦是分子邮编,指导miR29b在细胞核中定位,与靶基因序列无关,将这六核苷酸序列的分子邮编aguguu粘合在其他微RNA,同样的现象再次出现[3],微RNA这种分子邮编隐藏何种编码机制? 为了解决这一问题,开展将数论知识应用于微RNA结构分析。
1 资料与方法
(1)微RNA碱基数字编码:4种碱基可以编成四进制数字{0,1,2,3} ,编码格式有24种排列,那么选择哪一种排列呢?这需要结合微RNA二级结构,碱基理化性质及碱基编码能力大小。碱基堆积力对维持RNA二级结构起主要作用。其大小可以通过原子力显微镜精确测量[4],4种碱基堆积力大小是:A