甘蔗细胞色素C基因的电子克隆与分析.doc

文档介绍：
甘蔗细胞色素 C 基因的电子克隆与分析#
张玉叶,黄宁,肖新换,苏炜华,黄珑,罗俊,阙友雄**
(福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室/国家甘蔗产业技术研发中
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心,福州 350002)
摘要:以甘蔗类似细胞色素 C 的 EST 序列 为探针,通过电子克隆技术获得了
甘蔗细胞色素 C 基因(cytochrome C,Cyt C)的一条 cDNA 全长序列,命名为 ScCyt C。用生
物信息学方法对该基因氨基酸序列与组成、亚细胞定位、跨膜区与信号肽、疏水性/亲水性、
蛋白质二、三级结构以及功能等进行分析与预测。结果表明:Cyt C 基因全长 1073 bp,编
码 112 个氨基酸,该基因位于细胞质,为非分泌型蛋白,无规卷曲为主要二级结构原件,含
有 1 个保守功能域,主要功能为翻译并且在不同植物中具有高度保守性。电子表达分析结果
显示,该基因在甘蔗各个组织均有表达,其中在茎和根中的表达量比其他组织类型中表达量
高,此外,该基因的表达可能受到低温的调控。本研究为甘蔗细胞色素 C 基因的实验克隆、
结构分析与功能鉴定提供了进一步参考。
关键词:甘蔗;Cyt C 基因;电子克隆;生物信息学;电子表达分析
中图分类号:请查阅《中国图书馆分类法》
Electronic cloning and characterization of sugarcane ScCyt
C gene using bioinformatics tools
ZHANG Yuye, HUANG Ning, XIAO Xinhuan, SU Weihua, HUANG Long, LUO
Jun, QUE Youxiong
(Key Laboratory of Sugarcane Biology and ic Breeding, Ministry of Agriculture,Fujian
Agriculture and Forestry University / Sugarcane Research & Development Center,China
Agriculture Research System, Fuzhou 350002, China)
Abstract: The full-length cDNA sequence of one sugarcane cytochrome C gene (ScCyt C gene)
was abtained by in silico cloning using sequence from harum sinense as the
probe sequence. Some characters of the ScCyt C gene encoding amino acid, including the
composition of amino acid sequence, physical and chemical properties, subcellular localization,
transmembrane domain, hydrophobicity /