文档介绍：系统生物学与信息整合
XXX
利用蛋白质-蛋白质相互作用的
数据,蛋白质配偶的特性来分
类蛋白质
对2709种公开发表的酵母菌 haromyces cerevisiae的蛋白质之间的相互作用进行综合分析,建立了
1538种蛋白质之间的2358种相互作用的
统一的大型网络。
根据蛋白质的相互作用的配偶的已知功能把2709种可能的功能判归给蛋白质。
此方法正确地为72%的1393种有不止一个已知功能的配对者的特征化蛋白质推测了一个功能种类,也用来推测364种以前的未特征化的蛋白质的功能。
通过这种方法,网络能准确的推测72%
的至少带有一个特征性配对者的1393种
特征性蛋白质。
蛋白质从蛋白质相互作用推测 Marcotte等人的推测
YNR053C RNA处理/修饰(5/5) 转录,细胞组建,核组建,
RNA接合(5/5) mRNA转录, mRNA接合(e:
3, p: 1)
BIR1 细胞周期控制(2/4) -
CNS1 细胞张力(2/3),蛋白质折叠(2/3) 细胞组建,核组建(p:33)
YGL161C 小泡运输(2/3),细胞膜融合(2/3) -
YIP3 小泡运输(3/3) -
YMR322C 细胞张力(3/3) -
YPR105C 小泡运输(2/3) -
AIP2 细胞极性(2/2) 细胞组建, 碳水化合物利用,
碳水化合物代谢, 新陈代谢,
发酵; 能量(e:2,p:4)
DUO1 有丝分裂(2/4) -
EBS1 碳水化合物新陈代谢(2/5) -
表1 从蛋白质-bined algorithm)预测蛋白质功能的比较
FPR4 蛋白质合成(2/3) 细胞组建,转录,核组建
(e:1,two:2)
GIP2 有丝分裂(2/2) -
ISA1 蛋白质合成(2/2) 氮硫利用,代谢,氮硫代谢
(p:2)
RDI1 细胞极性(2/3) G-蛋白质(e: 1)
SMY2 RNA接合(2/2) 转录;细胞组建, mRNA接合,
核组建,mRNA转录(e:1)
YDR100w 小泡运输(2/2),细胞质融合(2/2) -
YEL015W RNA处理/修饰(2/6) 转录;细胞组建, mRNA接合
核组建, mRNA转录(e: 1)
YER079W 信号传导(2/2) -
YGL096W RNA处理/修饰(2/2),RNA接合(2/2)转录;细胞组建, mRNA接合
核组建, mRNA转录(e: 1)
YJL019W 染色质/染色体结构(2/2) -
YKR030W 小泡运输(2/2) -
YLR128W 细胞极性(2/4) -
YLR128W 细胞极性(2/4) -
YLR269C RNA处理/修饰(2/2),RNA接合(2/2) -
YLR368W 蛋白质衰变(2/5),氨基酸新陈代谢(2/5) -
细胞周期控制(2/5)
YLR435W 蛋白质合成(2/2) -
YLR456W RNA处理/修饰(2/4) RNA 处理/修饰, mRNA
转录,mRNA 处理(e: 1)
YNL311C 氨基酸新陈代谢(2/2) -
YPL105C RNA接合(2/2) -
a根据蛋白质相互作用推测仅列出与两个或两个以上的
已知功能的相互作用配偶的蛋白质,括号内的数字
为某一功能的相邻蛋白质数/已知功能的相互作用的
配偶蛋白质数。蛋白质相互作用推测根据YPD分类。
b有关完整的数据,见附表2。
c 表中Marcotte等的推测只包括”高质量推测”,括号内
指出推测的方法(e为实验证据;p为种系发生轮廓
(ic profile);两个或以上方法;数字指链
接的数量, 具体内容见Marcotte等[22], 相同或相似的
推测用斜体表示。Marcotte‘s预测用MIPS术语表示
酵母双杂交技术
[Gal4的DB -- Gal4的AD] —→报道基因(reporter gene)
[Gal4的DB -Snf1---Snf2- Gal4的AD]—→报道基因(reporter gene)
图*** “-”:结合作用,“---”:相互作用,“—→”:激
活基因的转录与表达作用。