文档介绍：超级结构、简化线性分子式和化学反应式目标本章讲解如何画更为复杂的结构,主要讲解的两个内容是:二维(2D)优化和三维(3D)优化。如何利用2D优化和清理(Clean)工具功能画环烷烃和氨基酸;如何将化学结构式转化成简化线性分子式(SMILES),如何做相反的转化;如何用3DOptimization优化工具画[2,2,2]环己烷,三蝶烯(triptycene),立方烷(cubane)和C20球碳结构(dodecahedrane)的3D优化结构;如何画化学反应式。2D-优化清理功能(Clean)能够理解为2D的优化。例如:能够重新画和调整大小,以使所有键长和键角符合标准。使用该功能,能够很容易地画出完美的结构。下面给出一些实例:创建环烷烃结构下面是如何画环壬烷:在原子工具栏(结构模式),点击碳原子。在结构工具栏,选择画链工具(Drawchains),并在工作区画出9个碳的链。注意游标显示着链中原子数。在结构工具栏,点击上下翻转按钮结构就被颠倒了:点击鼠标右键,选择通用画图工具(DrawNormal),由一个原子拉到另一个原子,以建立连接的键。点击清理结构键(CleanStructure)得到如下结构:画环形的缩氨酸在结构模式下进行操作。在模板窗口切换到氨基酸的标签下,能够从打开模板窗口按钮中找到模板窗口。从氨基酸系列中选择酪氨酸(Tyr)在空白区点击导入结构。从原子基团表中选择Alanine丙氨酸和Tryptophan色氨酸,点击指定的原子,连接上相应的官能团。提示:在固定基团到工作区前,能够按TAB键将结构翻转。点击右键快速切换到选择/移动工具然后如下图将氨基拖拽到羟基上:点击优化结构(CleanStructure)将得到如下结构:简化线性分子式(SMILESNotations)ACD/ChemSketch能够将简化线性分子式(SMILES,全称SimplifiedMolecularInputLineEntrySpecification)转化为分子结构式,反之易然。创建简化线性分子式在工具(Tools)菜单,指向生成(Generate)然后选择SMILESNotation命令。创建的简化线性分子式出现在结构式的下面:能够按CTRL+C将其复制到Windows的剪贴板,通过菜单命令或CTRL+V粘贴到其它外部文件中。注意:如果有多个结构式,不必分别选择每一个结构式,再转换成SMILENotation,只要不选择任何结构式,点击SMILES后,所有的结构的SMILENotation将在一行显示,中间有一点隔开。从简化线性分子式创建结构式现在我们将进行相反的过程,将简化线性分子式(SMILESNotations)转化成结构式。选择由前一节得到的线性分子式:从工具菜单栏(Tools)选择GenerateStructurefromSMILES命令,结构式将出现。这个结构式与前面得到的相同。若确实没有将线性分子插入到工作区或者分子没有被选中,选择StructurefromSMILES命令,在出现的对话框中能够手动输入线性分子:点击OK。生成的结构以阴影的形式附着在鼠标下:点击工作区置入结构。IUPAC国际化学标识分子式ACD/ChemSketch可将结构转换成IUPAC国际化学标识分子式(IUPACInternationalChemicalIdentifier),但是免费版不能将结构转成分子式。生成国际化学标识分子式我们将转换(1S)-1-(1H-咪唑-4-基)乙醇。用已学的知识绘制如下结构:在工具菜单,指向生成,然后选择InChI选项。在出现的对话框中,如图设置选项然后点击OK:在工具菜单中,指向生成,然后选择InChIfor:用不同的选项来重复InChI分子的生成;在InChIOptions对话框中清除MobileHPerception选项并选择Stereo:3D-优化讲述如何创建一个含有非标准角度和键长的结构。画这样的结构是很难的。3D优化和3D旋转使能够很容易完成。创建双[2,2,2]环己烷结构从选项菜单,选择参数设置,然后在出现的对话框中切换到结构标签。在3D优化区,清除AddHydrogens前面的复选框然后点击OK。在参考工具栏或原子基团表中选择环己烷点击工作区置入环己烷环。点击正常绘图并按照下面的图案使用拖拽绘制出烃桥:点击3D优化即获得所绘结构的3D样式。