文档介绍：分类号密级
U D C 编号

硕士学位论文

基于刺参转录组测序的 SSR 标记和防
御机制相关 SNP 标记开发
高琳琳
(1011008)

指导教师姓名常亚青教授
专业名称海洋生物学
论文答辩日期 2013 年 6 月 8 日
学位授予日期 2013 年月日
冬季养殖池塘环境因子变化及低温胁迫对刺参某些生理指标的影响

Masteral Dissertation

Development of SSR markers and SNPs markers associated
with defense mechanism based on transcriptome sequencing
of Apostichopus japonicus

Master Candidate: Linlin Gao
Supervisor: Yaqing Chang

Life Science and Technology Institute, Dalian Ocean University
Dalina,
June, 2013
本论文由
辽宁省重大课题项目
(2011203003)

国家“863”计划重大项目
(2012AA10A412)
资助
摘要
摘要
海参是棘皮动物门(Echinodermata)海参纲(Holothuroidea)动物的统称,主要分布
在中国北方沿海,日本,韩国,俄罗斯等地。由于其极高的经济价值和药用价值,已成为
我国重要的海水养殖种类。但是由于过度捕捞和环境恶化,刺参野生群体在急剧下降。所
以为了保护野生群体及刺参养殖业的健康发展,开发和利用分子标记对刺参养殖群体和野
生群体进行遗传分析是必要的。这对于其优良性状的保持、经济效益的提高等方面具有重
要的意义。
(1)利用本实验室采用 Illumina HiSeq 2000 测序技术得到 12000 多条刺参 Unigene
序列,应用 SSRHunter 软件搜索到 355 个微卫星位点,设计出 110 对引物,最终 45 个位
点扩增出符合预期大小、清晰、具有多态性的条带。进一步的结果分析显示这些位点的等
位基因数目在 2-20 之间,平均每个位点个等位基因;观测杂合度和期望杂合度为
- 和 -;没有观察到连锁不平衡位点(LD);17 个位点显著偏离
哈迪温伯格平衡(HWE)。
(2)本实验利用高分辨率溶解曲线(HRM)技术对刺参防御机制功能相关性 Unigene
进行 SNP 位点筛选,得到 34 个单核苷酸突变位点。碱基置换类型为转换和颠换的百分比
分别为 %和 %, A/G(C/T)、A/C(G/T)、A/T、C/G 的位点数目分别为 20 个、4
个、1 个、7 个,分别占总数的 %、%、%、%;1 个碱基置换类型模糊
位点以及 1 个三态位点有碱基缺失的位点。34 个 SNP 位点中有 26 个位点能利用小扩增子
法进行基因分型。分型结果显示其中有 11 个位点将 50 个刺参个体分为 2 个基因型,15 个
位点分为 3 个基因型。进一步数据分析显示 26 个位点均具有 2 个等位基因,最小等位基
因频率为 -;观测杂合度和期望杂合度分别为 - 和 -,没有
观察到连锁不平衡位点(LD);2 个位点显著偏离哈迪温伯格平衡(PHWE<)。
本实验所开发的基于刺参转录组测序的 SSR 标记及刺参防御机制相关 SNP 标记期望
对刺参遗传连锁图谱的构建以及比较基因组研究有所帮助。

关键词:刺参;转录组;SSR;HRM;SNP;防御机制
I
Abstract

Abstract
Sea cucumber (Apostichopus japonicus) belongs to the Holothurioider of Echinodermata,
mainly distributed in the northern coast of China, Japan, Korea, and Far Eastern Russia. Due to
its high nutritional and medicinal properties,