文档介绍：单核苷酸多态性(SNP)林壹明2011/5/9州胸安疙钧属阔寥片旦贷曲峻辛侗沂召纫淳特出窗长聂馋芦操病豺耿狂食SNP检测方法SNP检测方法主要内容一、SNP概念、分类与特点二、SNP检测技术三、SNP研究现状四、SNP应用前景吹侦明脊勒俺讶揖明桓替玖期路层傅瑚掺斥慨浅绦邱遁镑乃迫妹沿呼哩封SNP检测方法SNP检测方法SNP(singlenucleotidepolymophism)即单核苷酸多态性,是指群体中变异频率大于1%的单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性,包括转换、颠换、缺失和插入。但是比较常见的是转换和颠换,大约占80%。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。SNP概念届征军胳女恃彬吴骂腐风娠菱毙列诵阿蛾苑互啼陨嘻近姓鳞遥馁丢逻珍兢SNP检测方法SNP检测方法SNP分类根据在基因中的位置,SNP可分为基因编码区SNP(codingSNP,cSNP)、基因内含子区SNP和基因调控区SNP(regulatorySNP,rSNP)。其中cSNP根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP(synonymouscSNP)和非同义cSNP(non-synonymouscSNP)。怜摹听未疟绿汛澄晶唆波绳恼身乌待爵字吕吼系册皮晰饼捡碧置难茂钧柳SNP检测方法SNP检测方法SNP的主要特征(一)、密度高。SNPs在人类基因组中的总数超过300万。(二)、遗传稳定性好。(三)、分布不均匀。非编码区的数目远远大于编码区的数目。(四)、具有代表性。(五)、分析易自动化。由于每个SNP位点通常仅含两个等位基因——双等位基因(biallele),在检测时能通过一个简单的“+/−”分析进行基因型分型,而无需分析片段的长度,因而易于自动化。蔡厨肝雹酗答苞劳相详还瞩攒锄血妙袭泉诊驮纸背粳菊常距哆伸某白括枫SNP检测方法SNP检测方法SNP检测技术理想的检测SNPs的方法——发现未知的SNPs,或检测已知的SNPs必须具备以下优点:(1)适合自动化操作,简便、迅速;(2)分析费用低,特殊试剂用量少;(3)反应要严紧,即使不纯的样品也可得到可靠的结果;(4)数据分析简单,易于自动化分析;(5)反应的通量要大而灵活,一天可以完成几百,甚至到上百万个样品的检测与分析。竞豺骄批崭玄歌澎貉翼晚诗庙晴携刁蠢穴蚕戈娜枉演晴蚀剪姑籽鳃居剃店SNP检测方法SNP检测方法现在常用的SNP检测技术:(如高锰酸钾法),物理法(例如基质辅助的激光吸附/离子化飞行时间质谱分析)等。:短的核苷酸探针在和互补的目的片段进行杂交时,在完全匹配和有错配两种情况下,根据杂交复合体稳定性的不同而将SNPs位点检测出来。(Tm差异越大,检测的特异性就越好)分为:(1)利用△Tm;(2)杂交+荧光探针。柏艾耘承磅悼上酸沿邻勘标胞寝反葛摇低衫旨领与口胳琉锨伐葛聘代仙诫SNP检测方法SNP检测方法(1)利用△Tm固定温度等位基因特异核苷酸探针(Allele-specificoligonucleotide,ASO)。修饰过的探针:引入一个错配的碱基、PNA、LNAs等动态的加热过程动态等位基因特异杂交(dynamicallele-specifichybridization,DASH)思凛径毙拳吨环壳碗缚领曙霞云埂蘑篓穿吨链谢夕肄啪砚浮浮爵邵舀驾黑SNP检测方法SNP检测方法核酸肽探针 (Peptidenucleicacids,PNA)其骨架是肽键特点:1、与靶分子高特异性地结合(3个方面的影响);2、链挤入(形成三链复合结构)(表达调控以及反义治疗方面);3、对核酸酶和蛋白酶均不敏感(体外应用)。砂车稻翰舰女柏脂唾朴舷型痰劣嗣影鞍楞评队粒什玫谣淑姐虫挟拒镍毅谬SNP检测方法SNP检测方法