文档介绍：简介&安装Pymol是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件,由WarrenLyfordDeLano编写,而且由DeLanoScientificLLC负责商业发行。Pymol被用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称,在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用Pymol来制作的。Pymol名字的来源:“Py”表示该软件基于python这个计算机语言,“Mol”则是英文分子(molucule)的缩写,表示该软件用来显示分子结构。由于实验需要,本人正在学****该软件,在这里把学****过程记录下来,希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。自8月1日起,DeLanoScientific对事先编译好的PyMOL执行程序(包括beta版)采取限定下载的措施。当前,只有付费用户能够取得。不过源代码当前还是能够免费下载,供使用者编译。如果你和我一样,不想为此花钱的话:如果你是Windows用户,首先下载Pymol的源代码。然后安装CygWin,而且确保正确安装以下模块:C++(++packagename)PythonOpenGLPNG然后在源代码目录里面依次运行:如果你是Linux用户,首先确保以下东东已安装:PythonPmwOpenGLdriver(我用的是NVdia)libpngSubversionclient(下载源代码需要)然后下载Pymol的源代码$mkdirpymol-src$svnco然后进入源代码目录#cdpymol-src开始依次编译##$PATH,安装就搞定了#cp./pymol/usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError:NomodulenamedPmw",那么你应该运行#,请确保编译python时添加了tcl/tk支持,否则运行是会提示错误"ImportError:Nomodulenamed_tkinter"#USE="tcltk"emergepython好了,下面我们就能够进入Pymol的世界了。基本的鼠标操作里主要介绍一下Pymol的基本操作,包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。当你打开Pymol后,你将会看到如下图所示的界面:该界面分为2窗口,上面的外部GUI窗口(ExternalGUI)和下面的ViewerWindow。ViewerWindow又分为左右两块,左边用来显示结构图像的(Viewer),右边则是一个内部GUI窗口(InternalGUI)。Viewer自身包含一个命令行(如图中左下方的PyMOL>提示符),能够用来输入Pymol命令;在InernalGUI中则能够选定一些特定的对象并完成一些操作。ExternalGUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常见命令按钮。请注意,标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExternalGUI中完成,而且必须使用“Ctrl+C、Ctrl+X以及Ctrl+V”来完成,这也是这个所谓的外部GUI的最重要的优点。加载文件,有二种方法:在ExternalGUI中选择File-Open使用命令行:load<filename>上下载了一个离子通道蛋白的pdb文件(PENTAMERICLIGANDGATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI),,然后用pymol打开它:load2vl0该蛋白质的结构就被显示出来啦,如下图:基本的图像操作:是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿,那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原子组成的,而Pymol打开pdb文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的Viewer窗口里面的,当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作,来得到漂亮的清晰的蛋白质三维结构图。先说说鼠标吧。任意旋转图像:对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。放大/缩小图像:对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标:向上是缩小,向下则是放大。移动图像:对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮,然后移动鼠标。设定图像旋转中心:Ctrl+Shift+鼠标中键或滚轮。移动剪切平面:Shift+鼠标右键。鼠标上下移动:调整前剪切平面(离你近的);鼠标左右移动:调整后剪切平面(离你远的)。最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解,需要多试几次。配合下面的示意图你会发现Pymol的这项设定其实很方便。今天没时间了,明天还要出远门,就学到这里吧,用下面这个图作为结束,其实就是用cartoon的形式显示了上面的那个蛋白质,不过还