文档介绍：学校代号 10532 学号 S10221014
分类号密级
硕士学位论文
单纯疱疹病毒中简单重复序列及
其 GC 含量的研究
学位申请人姓名欧阳清检
培养单位生物学院
导师姓名及职称谭钟扬副教授
学科专业生物化学与分子生物学
研究方向生物信息学
论文提交日期 2013 年 5 月 27 日
学校代号:10532
学号:S10221014
密级:
湖南大学硕士学位论文
单纯疱疹病毒中简单重复序列及
其 GC 含量的研究
学位申请人姓名: 欧阳清检
导师姓名及职称: 谭钟扬副教授
培养单位: 生物学院
专业名称: 生物化学与分子生物学
论文提交日期: 2013 年 5 月 27 日
论文答辩日期: 2013 年 5 月 31 日
答辩委员会主席: 刘选明教授
The GC content and distribution characteristic of simple sequence repeats in
human herpes simplex virus by
OUYANG Qingjian
. (East China Institute of Technology) 2010
A thesis submitted in partial satisfaction of the
Requirements for the degree of
Master of Science
in
Biochemistry & Molecule Biology
in the
Graduate School
of
Hunan University
Supervisor
Associate Professor TAN Zhongyang
May, 2013
湖南大学
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作者签名: 日期: 年月日
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(请在以上相应方框内打“√”)
作者签名: 日期: 年月日
导师签名: 日期: 年月日
I
人类疱疹病毒中简单重复序列及其 GC 含量的分布研究
摘要
人类单纯疱疹病毒一型(Herpes simplex virus type 1 , HSV-1)和二型(Herpes
simplex virus type 2, HSV-2)的感染是普遍存在于全世界的,它们感染人后经常引
发各种疱疹和许多并发性疾病,对人类身体健康产生了极大危害。疱疹病毒有种
特殊的致病机制,它们能从潜伏期到激活期过渡,初期感染时可能不会造成人体
任何的症状,但当人体免疫机能下降时,该病毒就会激活并引起相关的疾病,这
也是无法对该病毒进行早期发现和治疗的关键所在。近年来,随着单纯疱疹病毒
感染率的提高,这种特异性的致病机制也越来越被人们所关注。本论文以人类单
纯疱疹病毒一型和二型的基因组序列为研究材料, 利用 IMEx ( Imperfect
Microsatellite Extractor)和 MEGA(Molecular Evolutionary ics Analysis)等
软件对病毒基因组序列进行了 SSRs(Simple Sequence Repeats)的提取和定位,
再结合相关的统计学方法对 SSRs 的分布特点及其碱基偏向性进行了全面的分析。
分析结果显示:在 HSV-1 中单核苷酸重复是最多的,而在 HSV-2 中单核苷酸重复
和二核苷酸重复含量却相差不大,并且二核苷酸重复稍多于单核苷酸重复。在比
较高阶 SSRs 时发现在 HSV-2 基因组中四核苷酸重复的相对频率明显高于 HSV