文档介绍：A quick guide for phred
Phrap 快速入门
本手册主要介绍 phred\phrap-基因组的序列装配软件包。Phred 是 phred\phrap 软件包
的一部分,主要是用来分析和装配基因组中大片段序列。phred\phrap 软件包由华盛顿大学
分子生物技术学院的 Phil Green 和 Brent Ewing 开发,主要用于学术科研活动。Phred 能处
理测序仪直接生成的色谱图,并且产生相关的信息。
该手册只对 Phred 作简要的介绍, 并不能替代 Phred 的官方说明文档
(http:\\),给实际应用提供一个快速参考。
数据来源(source data)
最主要的数据来源是测序仪生成的峰图(trace files)。峰图在计算机上可以用色谱图
(chromatograms)表示:
(图 1 测序仪生成的色谱图,chromatograms)
不同的测序仪会给出不同的色谱文件,Phred 能够识别三种格式的色谱文件,SCF, ABI 和
预先处理的 ESD 格式。
Phred 参数文件(Phred Parameter File)
使用 phred 首先就得配置化学物质参数文件(Phred Parameter File)。phred\phrap 软件包中
文件,就是有关测序仪每个色谱峰所代表的化学物质的参数配置文件。用户可
以直接编辑它,需要时也可以加入新的化学物质的描述信息。文件格式如下:
(图 2 Phred 参数文件(Phred Parameter File)的格式)
其中:
A quick guide for phred
1. primer ID 代表:染色物质的 ID 号(编号),此 ID 号应该和色谱中染料的 ID 号一致
(如果您不知道如何确定 Primer ID 号,不必担心,Phred 程序会给出提示的)。
2. chemistry 代表发生的化学反应,可供选择的选项有“primer,terminator,unknown”。
3. dye 代表染料的类型, 有 rhodamine, d-rhodamine, big-dye, energy-transfer, bodipy,
unknown 等选项供选择。
4. machine 代表测序仪型号。 phred ( 版本 ) 现在可识别的仪器有:
ABI_373_377, ABI_3100, ABI_3700, Beckman_CEQ_2000, LI-COR_4000, and
MolDyn_MegaBACE。
文件必须放在所有用户均可访问的目录, 并且可以通过
PHRED_PARAMETER_FILE 环境变量来自定义其存放位置。
例如,在 Unix 系统中:
export PHRED_PARAMETER_FILE=\usr\local\etc\
在 Windows 系统中:
set PHRED_PARAMETER_FILE=\usr\local\etc\
Phred 输入参数(Phred input parameters)
输入参数