文档介绍：两分钟学****凝胶分析软件 BandScan ( Step by step ) 转载请注明来自丁香园发布日期: 2005-07-02 12:14 文章作者: palmyard 文章编辑: admin Step by step to BandScan >>By Palmyard. 按:现在有很多常用的分子生物学软件,但对于初学者,尤其是不太擅长计算机者,使用起来有相当难度。琢磨说明书,或者自己一点点试验,难免觉得头绪纷繁,乃至兴味索然。后来我发现,其实用一个实例, 从头到尾示范一遍,可以在几分钟内直观地学会这个软件的基本使用方法。其他的一些情况就可以自己去摸索了,这样学起来很快。因此我打算做一个常用分子生物学软件 STEP BY STEP 的系列。这个想法在心里很久了,但是一直没有时间付诸实践,的确是因为没有较为空闲的时间。今天就从 BandScan 这个软件开始。由于不是很熟悉制作过程,奋战一整天,终于完成了第一个实例学****BandScan 是一个很常用的凝胶图像分析软件,我们用它重要是为了分析蛋白表达量。现在,我就以我自己表达的一个蛋白图,来示范这个软件分析的过程。最后结果是得到目的蛋白占总蛋白的百分数。 。主程序可以在网上找到(请搜索以往的帖子或用 google 搜索 )。安装以后加个补丁(如果找不到补丁可以 email 我 zhuzhang@ ,这有 、 和 的补丁,请尽量自己先找一下)。 BandScan 的图标。双击打开。 。.打开一张扫描好的电泳图。 BandScan 可以识别 TIF 和 JPG 格式的图片,很方便。打开工具栏上的 file/open tiff , jpg file format ,选中待分析的图片。 。这时候凝胶图像显示出来。 1道是低分子量标准, 2道是诱导表达的蛋白, 3道是未诱导的对照。旁边有一个图像预览窗口 Image Preview ,可以看到,除了 cancal ,其它命令框都是灰色的(不可操作)。其实这里是要你先选定一个图像处理的范围( select rectangle )。 ,松开鼠标,划出的长方形框包扩了整个待分析的范围。这时, 命令框内均变成黑色的(可以操作)。上面那个 undo rect 可以取消选框,下面的 image options 可以选择是否和如何旋转图像。本例中均不改动,直接单击 accept selected region 。 color to signal selections 复选框。这个是选择信号检测方式,直接用默认的 original image , 或选择 gray scale (灰阶)。本例中不改动,单击 use current image 。 。它是自动转换成灰阶的。其左上角的数字是鼠标所在的坐标和灰度值。移动鼠标就可以看到它的变化。 BandScan 来分析一下电泳条带吧:)打开工具栏上的 band finding/find bands ,出现一个让你选择有几条泳道的框 selecting number of lanes ,我们设置成 3道。 10. 看,每一个条带都自动被框起来了:)红色+记号是条带的中心位置,兰色竖线是泳道位置。同时出现了一个复选框 select more or select few bands 。可以根据总灰度、最大灰度和大小为标准来自动选择蛋白条带。拉动左边的滚动条,可以增加或减少条带的数量。选好后单击 ok。 11. 现在就可以看看蛋白的表达量了。打开 window/band table 。出现了一个 band location 的表格。把它最大化,放到右边。这里的数据是每个条带的中心位置(红色+的位置)。 12. 在 band location 的数据类型 data type 中,选择 percent signal ,就会出现各个条带灰度值占本泳道条带总灰度值的百分比。 13. 单击自己的表达条带,则条带中心的+和相应的百分数的背景都会变成绿色。我表达的融合蛋白约占细菌总蛋白的 % 。我们要的数据就得到了。自己再重复一下整个过程,会发现,原来是如此简单:) 总结:真的只是领进门。因为 BandScan 绝不仅仅是这么简单,它还可以做很多事情。比如通过设定一个条带的量(标准)来推断表达蛋白的量。比如用手动方式加入未被自动选择的条带,等等。举个例,我们发现我的目的条带上面有几个浅条带没有被选上,可以用 band finding/manually insert a band 命令把它们选上