文档介绍：补充内容 Lammps与分子动力学
常用模拟软件
Lammps功能和原理
经典范例
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1. 常用的MD模拟软件
NAMD：免费
主要针对与生物和化学软材料体系，程序设计水平高，计算效率高。有很好的分析辅助软件VMD。
AMBER
主要针对生物体系，也适当兼容一般化学分子。有很好的内置势能模型，自定义新模型和新分子很方便，有很完善的维护网站。计算效率不高运算速度慢。
CHARMM
主要针对生物体系，也包含部分化学体系。势能模型更新很快自定义新模型比较方便。计算效率低。
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GROMACS 免费
主要针对生物体系，也适当照顾一般化学体系。算法好，计算效率高。界面友好，维护服务好。
TINKER 免费
一般性分子动力学软件，对生物体系略有偏重。优点支持多种模型。仍在开发中，某些方面还不完善。
DL-POLY
一般性分子模拟软件，界面友好，计算效率高。维护服务很好。
Materials Studio
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LAMMPS 免费
一般性分子模拟软件。兼容当前大多数的势能模型，编程水平高，计算效率高。可以模拟软材料和固体物理系统。
Materials Explorer
立足于Windows平台的多功能分子动力学软件。拥有强大的分子动力学计算及Monte Carlo软件包，是结合应用领域来研究材料工程的有力工具。Materials Explorer可以用来研究有机物、高聚物、生物大分子、金属、陶瓷材料、半导体等晶体、非晶体、溶液，流体，液体和气体相变、膨胀、压缩系数、抗张强度、缺陷等。Materials Explorer软件中包含2Body，3Body，EAM，AMBER等63个力场可供用户选择。Materials Explorer软件拥有完美的图形界面，方便使用者操作。
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2. Lammps功能和原理
Lammps初识
Lammps的功能
Lammps的原理
Lammps的特点
Lammps的应用
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Lammps初识
Lammps程序是一个经典分子动力学计算程序。全称 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
官方网址：/

国内交流论坛：
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Lammps的功能
能（features）
一般意义（并行化，可扩充，脚本化输入，接口化编译）
专门意义（能建模原子类型，有什么力场，有那些原子操作，如何设置系综/边界/约束，积分方法，输出控制，前后图形处理，以及具有一些什么特色功能）
不能（non-features）
- 非图形化界面，不能自动建立分子结构模型和分配力场参数，不具有复杂的分析的手段，不能可视化输出结果
补救：工具包，用于建模和分析以及可视化，但是功能不够强大。
必须一些其他前后处理软件（几何建模，物理建模，可视化分析）结合使用，接口方法。
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Lammps的基本原理
编写、输入模拟程序
运行模拟
可视化
结果分析
输出结果
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Lammps输入文件的主要组成部分
Initialization
Atom definition
Settings
Run a simulation
后面的两个部分可以按照需要多次重复。
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Lammps软件目前的特点
从势场角度看：建模软物质（生物分子，聚合物），固态材料（金属，半导体），以及粗粒子和介观材料。更一般的说是lammps程序是用来建模原子/介观/连续尺度物质以及其在热、力学、化学条件下的性质的模拟软件，因此是系统化方法。
Lammps程序运行环境：单CPU和多CPU，采用的是消息响应和模拟域的空间分解并行机制。
Lammps程序代码共享和模块化设计，具有功能易于扩充的特性。新版采用C/C++语言书写，周期性发布，以日期为为准，不断更新一些bug和增加一些功能。脚本语言应用开发。
美国能源部下属的圣地亚国家实验室发布，主要作者：Steve Plimpton, Aidan Thompson, and Paul Crozier
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