文档介绍：[民猪的ＳＬＡ－ＤＲＢ基因的ＰＣＲ－ＲＦＬＰ多态性分析]基因多态性
摘 要：采取克隆测序和PCR-RFLP相结合的方法，对民猪的SLA-DRB基因的整个编码区进行了扫描和多态性分析，结果表明该基因的第2外显于是整个基因的高变区，突变率达成％，其中80％为有效突变，但没有发觉新的等位基因；PCR-RFLP结果表明外显子1用内切酶Alu I酶切可取得3种基因型；外显子2用�切酶Taq I酶切可取得3种基因型：外显子3用�切酶Bcn I酶切可取得3种基因型：外显于4用�切酶Mbo I酶切可取得2种基因型：外显子5用内切酶Hinl I酶切可取得3种基因型，Hardy-Weinberg平衡分析表明民猪在Alu I和Hinl I处于平衡状态，在Taq I、Bcn I和MBoI处于不平衡状态。
关键词：民猪；SLA－DRB；克隆；PCR-RFLP
中图分类号： 文件标识码：A 文章编号：1007-784704-0373-04
LA由I类、Ⅱ类和Ⅲ类3个基因簇组成，其中Ⅱ类基因控制机体免疫应答，和猪的抗病能力亲密相关，Ⅱ类基因又分为A基因和B基因，分别产生α肽链和卢肽链，在卢链的结构域内部存在多处抗原肽结合位点，研究DRB基因的多态性，对搞清Ⅱ类抗原分子β结构域在外源性抗原递呈中所起的作用和结构域内部结构的改变对功效的影响有着主要的参考意义；同时，因为Ⅱ类基因和机体的抗病力亲密相关，故研究其编码区的多态性对研究猪的抗病能力和抗病育种将含有主要的参考意义，现在有关SLA-DRO基因的研究全部集中在第2外显子上，对其它外显子的研究甚少，本研究欲对其整个编码区进行全方面的分析研究，经过克隆测序找到突变位点，并选择适宜的内切酶进行PCR-RFLP分析。
1 材料和方法
1．1 试验材料
东北民猪60头来自兰西种猪场。
1．2 试验方法
1．2．1 PCR扩增用引物及PCR反应的退火温度见表1。
1．2．2 关键仪器及试剂
2720 Thermal Cycler PCR仪；Alu I、Taq I、Bcn I、Mbo I、HiM I限制性内切酶；T载体，胶回收试剂盒，质粒提取试剂盒。
1．2．3 试验内容
PCR扩增目标基因，琼脂糖凝胶电泳检测无杂带后，用胶回收试剂盒回收目标带，连接入T载体，转化人大肠杆菌感受态，37℃培养过夜，挑取阳性菌落，摇菌，提质粒，BamH I和HindⅢ双酶切判定后，寄往上海生工测序，测序结果用Primer Premier 软件进行比对分析；对发觉的酶切位点采取PCR-RFLP进行检测；酶切体系：内切酶10U，PCR产物8μL，37℃酶切过夜。
1．2．4 序列分析和数据处理
用DNAMAN软件进行同源性比对；用PrimerS，0软件进行酶切位点分析。
2 结果和分析
2．1 克隆测序结果
本试验共取得了民猪的6条SLA-DRB基因的全长cDNA序列，将这6条序列进行比对后发觉突变大多集中在第2外显子处，其它3个外显子突变较少，和NCBI网上提供的SLA，DRB基因序列相比较，没有发觉新的等位基因。
2．2 PCR-RFLP分型结果
外显子1经内切酶ALu I酶切后，得到3种RFLP带型，190 bp、190