文档介绍：第八章农业类数据库的利用
生物信息学在农作物基因组分析中的深入应用无疑会加速农业生产的发展。全世界的农学家、生物信息学家已充分认识到这一点。近年来, 以“水稻基因组计划”为代表的农作物基因图谱研究为生物信息学的农业应用打下了良好基础。一方面, 通过比较基因组学、表达分析和功能基因组分析, 识别重要基因、发现新基因、加快基因克隆的速度, 为培育转基因作物、改良作物的质量和数量性状奠定基础。农业生物信息学与常规育种技术相结合, 提高育种效率、创新遗传资源、加快育种进程,已成为农作物育种的发展趋势。基于生物大分子结构的药物设计是生物信息学中的极为重要的研究领域。以信号受体和转录途径组分分析为基础,进行农业化合物设计, 结合化学信息学方法, 鉴定可用于杀虫剂和除草剂的潜在化学成分, 将成为生物信息学在农业上的另一推动力, 这将保证农作物高产优质和绿色环保的市场要求。
另一方面, 生物信息学应用于农业可以充分利用植物遗传资源,保护农作物遗传多样性。对于我国这样的农业大国, 运用先进有效的生物信息学研究手段, 结合我国丰富的特有的遗传资源, 开展中国优良农作物资源的单核苷酸多态性和插入缺失多态性的研究, 分离、克隆有自主知识产权的有重要经济价值的新基因及重要的基因表达调控元件, 发现控制优良性状基因的分子标记, 将极大的加快我国的农作物应用研究工作,实现我国农业持续发展。
通过生物信息学推动农业基础研究及应用研究的关键在于获取主要农作物和家畜家禽的完整基因组建立基因组数据库。利用生物信息数据库对基因、基因的结构、基因产物的功能分析将成为农业基础与应用研究工作中必不可少的技术手段。本章对国际上已经建立了一些重要的农作物基因组数据库进行介绍。
Gramene
网址:/
谷类比较图谱资源的网站。是一个协助性的、以网络为基础的公开性数据资源,致力于稻科植物类的比较基因组分析。他们的目标是使用公用工程信息促进交叉物种的同源关系研究,这些公用工程包括基因组、EST序列、蛋白质结构和功能分析、遗传学和物理图谱、生物化学通路的阐述、表型特征和突变的QTL定位及描述。作为一个信息源,Gramene的目的是在公共资源中为资料提供更多的价值,便于研究者用水稻基因组序列来鉴定和阐述稻科作物的相应基因、通路和表型。
Soybase
网址:
美国农业部大豆基因数据库,包含了大豆的遗产、表型及其他信息。可以查到大豆的各种遗传图谱和物理图谱,以及某些功能基因的信息。
GrainGenes
网址:
GrainGenes是美国农业部和国家农业图书馆的植物基因组计划支持的麦、燕麦和甘蔗遗传数据库。数据组成和检索方法与Soybase相似。
ArkDB
网址:
农业相关和其他动物的基因组数据库。其中包含有常见家畜,如:猪、牛、羊等物种的遗传图谱和物理图谱。
其他网络公共农业数据库:
美国农业部(USDA)研究数据库USDA Research Database 这是由美国农业部(USDA)创建的可检索数据库网页,该数据库系统提供了美国农业部正在进行的研究项目和已完成项目的资助人。由该网页可超链进入美国农业部的各个部门进行查询,如USDA的营养研究,生物化学与生物物理研究,微生