文档介绍：⑧波谱解析在蛋白质组学中的应用与研究培养单位:申请同济大学理学硕士学位论文一级学科:二级学科:研究生:指导教师:化学系化学分析化学唐育虹李通化教授二六年三月易匀豢蒲Щ嵯钅勘嗪牛
——一塑矍摘要作为生命的物质基础之一,蛋白质在催化生命体内各种反应进行、调节代谢、抵御病原微生物的入侵及控制遗传信息等方面都起着至关重要的作用。随着后基因组时代的来临,蛋白质组学已成为国际的主攻领域,是生命科学最重要的研究领域之一。对蛋白质组成的分析鉴定是蛋白质组学中的主要内容,它要求对蛋白质组进行表征,即所有蛋白质的分离与鉴定及其图谱化。同时,质谱技术的飞速发展使得/成为蛋白质组学的核心技术,特别是对于蛋白质复合物的鉴定、蛋白质互联网的解析等方面也有着重大的应用。目前,已有多种对串联质谱与数据库中多肽的理论质谱的一致性进行评估的高通量计量算法用于蛋白质组学研究中。然而,它们仍存在着显著的多肽鉴定误差率,因此发展算法以提高多肽鉴定的准确性仍是目前蛋白质组信息学研究的热点。因此,首先本文针对蛋白质的多组分体系,对投影图旋转分析法进行了改进,扩展其应用范围;其次,对于蛋白质的./串联质谱数据,本文结合色谱方向上的保留时间信息,提出了一种结合保留时间信息的串联质谱数据的预处理解析策略,并使用该数据预处理解析策略处理实验测得的数据,从而获得较高的氨基酸序列覆盖率,提高了蛋白质的检索得分。本文主要分为三个部分:。这一部分阐述了投影图旋转分析的基本原理及算法,同时针对蛋白质多组分分析体系,我们利用超平面的概念对此算法进行了进一步的改进,并对三组分实验体系和五组分实验体系进行了分析与讨论。第二部分为串联质谱数据的解析与研究。探讨了蛋白质搜索与鉴定的几种影响因素,提出了一种结合保留时间信息的串联质谱数据的预处理解析策略,即依次采用数据组合、数据滤波、数据补充对串联质谱进行解析。第三部分为蛋白质串联质谱数据的实例分析。主要是利用前面提出的数据预处理解析策略,对实验测得的蛋白质串联质谱进行分析与比较,提高了蛋白质的检索得分,获得到了比较令人满意的结果。关键词:蛋白质组学,投影图旋转分析法,串联质谱,保留时间,蛋白质鉴定
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套素衄学位论文版权使用授权书Ⅻ;年耭本人完全了解同济大学关于收集、保存、使用学位论文的规定,同意如下各项内容:按照学校要求提交学位论文的印刷本和电子版本;学校有权保存学位论文的印刷本和电子版,并采用影印、缩印、扫描、数字化或其它手段保存论文;学校有权提供目录检索以及提供本学位论文全文或者部分的阅览服务;学校有权按有关规定向国家有关部门或者机构送交论文的复印件和电子版;在不以赢利为目的的前提下,学校可以适当复制论文的部分或全部内容用于学术活动。学位论文作者签名:经指导教师同意,本学位论文属于保密,在年解密后适用本授权书。指导教师签名:年月日
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第乱蛋白质组学研究的背景和范围随着人类基因组计划的完成,生命科学研究已进入了后基因组时代“T谡个时代,生命科学的主要研究对象是功能基因组学,包括结构基因组研究和蛋白质组研究等”5鞍字适巧砉δ艿闹葱姓撸巧窒蟮闹苯犹逑终撸缘白质结构和功能的研究将直接阐明生命在生理或病理条件下的变化机制。蛋白质本身的存在形式和活动规律,如翻译后修饰、蛋白质间相互作用以及蛋白质构象等问题,仍依赖于直接对蛋白质的研究来解决。蛋白质组,广义上讲,指一个细胞或一个组织基因组所表达的全部蛋白质。或指某一物种、个体、器官、组织、细胞乃至体液在精确控制其环境条件之下,特定时刻的全部蛋白质表达图谱。与基因组不同,它反映了研究体系内的动态代谢变化过程。它随着细胞、组织、甚至环境状态的不同而改变,而与以往的经典蛋白质化学研究相比,它的研究对象不再是单一或少数蛋白质,而是着眼于全面性和整体性,需要研究体系内所有蛋白质组分的物理、化学、生物学性质与功能,最终获得每个蛋白质的性质、表达变化及修饰后加工等各方面的大规模信息。因此,蛋白质组学是以细胞内全部蛋白质的存在及其活动方式为研究对象“荚诓魃锾迦ú康鞍字实谋泶锬J及功能模式,其内容包括鉴定蛋白质的表达、存在方式奘涡问、结构、功能和相互作用等。可以说蛋白质组研究的开展不仅是生命科学研究进入后基因组时代的里程碑