文档介绍：1-PAM矩阵平均改变1%的氨基酸，能否说2-PAM矩阵平均改变2%
用Blast在GenBank中查询序列GAATTCCAATAGA，命中了什么数据库序列
S和t的长为l的比对，把该比对拆成两部分，一个从列1到列k，另一个从列k+1到l。计分系统的什么性质保证对任意的k整个比对的计分是其部分比对计分的和
二代测序数据分析
BLAST
二代测序数据分析
二代测序数据分析
2012/9/25
二代测序数据分析
测序数据分析流程
短片段序列
短片段Mapping
基因型估计
关联分析
短序列片段(fastq)
Mapping (BWA, Bowtie)
基因型估计 (Bayes)
关联分析
二代测序数据分析
短序列片段
Fastq格式
文本文件
包含短片段序列（reads）和碱基测序质量
示例
***@HWI-EAS209_0006_FC706VJ:5:58:5894:21141#ATCACG/1 TTAATTGGTAAATAAATCTCCTAATAGCTTAGATNTTACCTTNNNNNNNNNNTAGTTTCTTGAGATTTGTTGGGGGAGACATTTTTGTGATTGCCTTGAT
+HWI-EAS209_0006_FC706VJ:5:58:5894:21141#ATCACG/1 efcfffffcfeefffcffffffddf`feed]`]_Ba_^__[YBBBBBBBBBBRTT\]][]dddd`ddd^dddadd^BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
二代测序数据分析
短序列片段
长度：35 - 120bp
碱基测序质量：Phred Quality Score
ASCII表示
P是base-calling错误率
二代测序数据分析
ASCII码表
二代测序数据分析
内容
短片段序列
短片段Mapping
基因型估计
关联分析
二代测序数据分析