文档介绍：微卫星体简单重复序列锚定 PCR 扩增技术(SSR - PCR) 及其在寄生虫基因研究中的应用文章来源: 2006-7-18 16:52:11 微卫星体简单重复序列锚定 PCR 扩增技术(SSR - PCR) 及其在寄生虫基因研究中的应用实用寄生虫病杂志 2000 年第 1 期第 8卷短文作者:冯友仁牛安欧单位: 冯友仁( 同济医科大学寄生虫学教研室, 武汉 430030 ); 牛安欧( 同济医科大学寄生虫学教研室,武汉 430030 ) 中图分类号: R38 文献标识码: B 文章编号: 1005 - 2534(2000)01 - 0033 - 02 寄生虫基因变异现象是普遍存在的,了解其变异情况有助于寄生虫的防治控制及疫苗研制。早期的限制性酶切片段长度多态性(RFLP) 等分子生物学技术的运用极大地推动了寄生虫遗传变异研究的深入发展。由于这些方法复杂、费时且 DNA 需求量大,因而未广泛使用;特异性 PCR 检测 DNA 多态性,需预知靶基因核苷酸序列,设计合成特异性扩增引物,也限制了其广泛应用; 90 年代初报道的随机扩增多态性 DNA 技术(RAPD) ,对 DNA 差异研究敏感有效, 但重复稳定性差。新近出现的基于微卫星体 DNA 的简单重复序列锚定 PCR 扩增技术(simple sequence repeat-anchored PCR,SSR - PCR) ,具有简便、快速、敏感及较好重复稳定性的特点。本文就 SSR - PCR 有关原理及应用作一简要概述。 1 微卫星体 DNA 及其特点在部分微生物及人和动物等基因组中,存在一些由寡核苷酸串联、重复排列而成的 DNA 序列,称为“数量可变的串联重复序列”(variable number of tandem repeat,VNTR) 。其中重复序列为 6~ 70bp 的称为小卫星体 DNA(minisatellite DNA) ;在基因组的间隔顺序和内含子等非编码区内, 广泛存在与小卫星体 DNA 类似的另一类短串联重复序列,由1~ 6bp 作核心单位,在多串联拷贝上重复而成,称为微卫星体 DNA(microsatellite DNA) ,或称简单重复序列(SSR), 如 GACA 、 GATA 、 TCC 、 CA、 CT 等。小卫星体 DNA 和微卫星体 DNA 都属于自私 DNA(selfish DNA) ,它们的存在是其自主复制形成的。 DNA 复制过程中的“链滑”(strand slippage) 作用可能是造成微卫星体 DNA 多态性的主要原因。微卫星体 DNA 与小卫星体 DNA 相比,除重复单位长度不同外,微卫星体 DNA 还具有不同特点。微卫星体 DNA 存在于染色体任何部位,重复次数达 10~ 60 次,总序列长度从几十到几百 bp, 一般不超过 300bp , 存在数目很多, 可达 10 万个, 重复单位变异程度低约 1/ 10 4~ 10 6; 而小卫星体 DNA 只存在于染色体近端粒和着丝粒区, 重复次数可达几百次, 总长度远比微卫星体 DNA 长,可达 30kb ,存在数目有限,有些染色体尚未发现,重复单位可发生单个碱基的变异。从符合遗传标记的高度多态, 杂合性高, 突变率低的标准来看, 微卫星体 DNA 比小卫星体 DNA 更优越。微卫星体在真核生物基因组中