文档介绍：伯杰氏系统分类手册
附录2 伯杰氏细菌系统分类学手册
《伯杰氏细菌系统分类学手册》（“Bergry’s Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles
第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。参照了16S rDNA的序列。编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。伯杰氏手册公司的网站（）也会定期更新。第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。
古生菌域 （Domain “Archaea”）
第AI门 泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)
第I纲 热变形菌纲(Thermoprotei class. nov.)
第I目 热变形菌目(Thermoproteales)
第I科 热变形菌科(Thermoproteaceae)
第I属 热变形菌属(Thermoproteus)
第II属 热杆菌属(Caldivirga)
第III属 热棒菌属(Pyrobaculum)
第IV属 热枝菌属(Thermocladium)
第II科 热丝菌科(Thermofilaceae)
第I属 热丝菌属(Thermofilum)
第II目 硫还原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.)
第I科 硫还原古球菌科(Desulfurococcaceae)
第I属 硫还原古球菌属(Desulfurococcus)
第II属 (Acidolobus)
第III属 气热菌属(Aeropyrum)
第IV属 浆果状火球菌属(Ignicoccus)
第V属 葡萄嗜热菌属(Staphylothermus)
第VI属 斯梯特氏菌属(Stetteria)
第VII属 恐硫球菌属(Sulfophobococcus)
第VIII属 热盘菌属(Thermodiscus gen. nov.)
第IX属 耐热球菌属(Thermosphaera)
第II科 热网菌科(Pyrodictiaceae)
第I属 热网菌属(Pyrodictium)
第II属 栖高温菌属(Hyperthermus)
第III属 热叶菌属(Pyrolobus)
第III目 硫化叶菌目(Sulfolobales)
第I科 硫化叶菌科(Sulfolobaceae)
第I属 硫化叶菌属(Sulfolobus)
第II属 酸菌属(Acidianus)
第III属 生金球菌属(Metallosphaera)
第IV属 栖冥河菌属(Stygiolobus)
第V属 硫代谢球菌属(Sulfurisphaera)
第VI属 硫化球菌属(Sulfurococcus)
第AII门 广古生菌门(Euryarchaeota phy. nov.)
第I纲 甲烷杆菌纲(Methanobacteria class. nov.)
第I目 甲烷杆菌目(Methanobacteriales)
第I科 甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)
第I属 甲烷杆菌属(Methanobacterium)
第II属 甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)
第III属 甲烷球形菌属(Methanosphaera)
第IV属 甲烷嗜热杆菌属(Methanothermobacter)
第II科 甲烷嗜热菌科(Methanothermaceae)
第I属 甲烷嗜热菌属(Methanothermus)
第II纲 甲烷球菌纲(Methanococci class. nov.)
第I目 甲烷球菌目(Methanococcales)
第I科 甲烷球菌科(Methanococcaceae)
第I属 甲烷球菌属(Methanococcus)
第II属 甲烷嗜热球菌属(Methanothermococcus gen. nov.)
第II科 甲烷热球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.)
第I属 甲烷热球菌属(Methanocaldococcus gen. nov.)
第II属 甲烷干热菌属(Methanotorris gen. nov.