文档介绍：综合序列分析软件综合序列分析软件 BioEdit BioEdit 2003 2003 级级高芳銮高芳銮 BioEdit BioEdit 简介简介? BioEdit 是一个性能优良的免费的生物序列编辑器,可在 Windows 95/98/NT/2000 中运行, 它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。?与 DNAMAN 相比,其分析内容相对丰富一些, 而且提供了很多网络程序的分析界面和接口, 与 DNAMAN 等软件配合使用更好。?尤其值得一提是利用 BioEdit 能够十分方面地根据指定的核酸序列绘制相应的质粒图谱。序列的常规操作: 序列的常规操作: 序列输入序列输入:多种序列输入方式; 序列分类序列分类:按标题、位置、定义、参数、注释等分类; 成对排列成对排列:两序列的最佳排列及计算同一性和类似性; 序列屏蔽序列屏蔽:仅采用联配中部分区域进行分析而排除其他。核酸分析核酸分析:组成、互补、反转、翻译、质粒、限制性内切酶; 蛋白质分析蛋白质分析:氨基酸成分、疏水性轮廓、疏水力矩平均数翻译或反翻译翻译或反翻译:把 DNA 或RNA 翻译成蛋白质; 切换翻译切换翻译:在核酸和编码蛋白质序列中切换核苷酸序列; 点图点图[成对比较成对比较]:相互比较两序列的矩阵,生成一个点图。?? BLAST BLAST ?本地使用 BLAST o创建本地数据库 o本地 BLAST 搜寻? BLAST 客户端程序?? ClustalW ClustalW ??使用互联网工具使用互联网工具? HTML BLAST 网络浏览器? PSI-BLAST ? nnPredict …??进化分析进化分析主要内容主要内容??绘制质粒图绘制质粒图??限制性内切酶图限制性内切酶图??蛋白质分析蛋白质分析––组成分析组成分析––熵图熵图––疏水性轮廓疏水性轮廓––联配中搜寻保守区联配中搜寻保守区––根据密码子的使用翻译核苷酸根据密码子的使用翻译核苷酸??RNA RNA 比较分析比较分析––共变共变––潜在配对潜在配对––互交信息分析互交信息分析一、绘制质粒图( 一、绘制质粒图( Plasmind drawing Plasmind drawing ) ) 使用 BioEdit 质粒绘图功能,序列可以通过自动的位置标记, 自动修改成环形质粒。特征、多连接位点和限制性位点可以通过使用对话框增加。当将一个序列进入质粒图时,在背景上出现一个限制性内切酶图谱,所以可以通过对话框选择可以增加限制性位点。它们自动增加到当前的位点。质粒功能提供简单的绘制和标记工具。标签和绘图可以通过鼠标移动和缩放。想要编辑目标性质,双击目标。想要从一个 DNA 序列产生一个质粒,从“ Sequence ”菜单中“ Nucleic Acid ”子菜单中选择“ Create Plasmid from Sequence ”选项。选择这个选项时,限制性内切酶图谱将会使用通常商业化的,储存在存储器中的限制性内切酶。质粒第一次产生时,它显示成有 10个位点标记的圆圈,中央是标题。 sites:( sites:( 限制性位点限制性位点) ) 想要增加限制性位点,从“ Vector ”菜单中选择“ Restriction Sites ”选项。将会显示一下对话框: 想要显示图谱中的限制性内切酶,从右边(“ Don't Show ”中)选择任何想要的酶,用按钮将它们移动到左边。按下“ Apply & Close ”时,这个位点就会增加到图谱中。指定的酶如果只有一个酶切位点,就会在酶切位点上出现一个“ U ”。如果没有“U”,将会显示第一个酶切位点。想要移动图谱中酶的位置,在“ Show ”中增加选择的酶的亮度,按下按钮将它们移动另一边。 marks ( marks ( 位置标记位置标记): ): 点击“ Vector ”菜单中的“ Positional Marks ”选项,可以出现以下对话框: 可以通过移动位置标记到“ Show ”中,单独增加位置标记, 或者设定应用的分割标记数量。想要没有标记,选择“ Divide into: ”中的下拉菜单顶端的“ None ”。