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为了推翻邪恶的独裁者Baby Panay，CIA特务Rico Rodriguez深入热带岛屿Panau，展开一连串的颠覆任务。这篇《正当防卫2》流程攻略以主线内容（Agency Mission）为基准。
Aarl被围攻的事件前，还得爬上二侧高楼的最高层解除敌人的炸药。当玩家进入骇客系统时，画面会出现红框的QTE指示，只要在时间限制内按完所有按键即可。临走前别忘了把敌人的突击步枪带走，这把突击步枪升级后将来能够帮玩家解决不少麻烦。
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解除了二个炸弹，马上就会出现一架直升机前来攻击玩家，利用勾索飞上直升机并把副驾驶击毙，再按手把Y键就能与驾驶进行QTE抢夺直升机。接着，这次任务的目标会出现在空桥的正中央;切记，使用直升机上的机枪扫射敌人时别误伤到Karl，否则他会被玩家给秒杀而任务失败。
被敌人重重包围的Karl，主角在第一次与他相遇时没办法好好自我介绍，敌人不断地丢掷手榴弹企图把他们炸死，情急之下Rico只好抱着Karl从窗户冲了出去。好不容易捡回一条命的Karl还破口大骂Rico是“SOB”，更不巧的是这位老固执只开自己的爱车，玩家还得帮他把车给拖出来才行。朝着Karl爱车按住手把LB键射出勾索，接着瞄准后方的牵引车放开LB键连接勾索，接着就能开牵引车把老头的爱车给拖出来。
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与Karl前往藏身处的路上，敌人会不断地死缠烂打追击玩家，利用勾索连结敌车与地面让敌人翻车，或者是直接飞到敌车上把驾驶踢飞，都是能保住性命的方法。最后终于逃到了藏身处，触发一段剧情动画后便结束了探员任务。
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结束第一个探员任务、开启第二个任务前，玩家需要足够的Chaos值才能执行，可以趁这个时候走马看花欣赏一下美丽的烟火秀，恶搞敌人一番。游戏初期取得Chaos值的支线任务并不多，而且大多需要耗掉不少车程，玩家可以考虑先破坏敌人的重要设施，取得该基地、村落或城市的控制权来获得大量的Chaos。但是笔者强烈建议先从较小的基地与村落下手，如果没有较高的血量与完备的武器就杀进去，很容易就会躺着出来。
Agency Mission 3：The White Tiger
找到接第二个探员任务的线民触发剧情动画，那名死要钱的线民还会假装失忆不回答问题，Rico只好把一叠白花花的钞票掏出来给这个混球。依照雷达的指示越过小河，在山头的另一端就能找到任务要求的人物。
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成功潜入到基地任务会更新为“Eliminate the guards”，玩家最好优先处理四个角落的戒哨塔，因为上头都会有一名狙击手，他们会不断地干扰玩家进行任务，而且狙击枪也会秒杀主角。清光所有敌人爬到指定的戒哨塔上，使用通话器接收任务的下一步动作。
通话结束没多久，便会看到下方一名敌人押着犯人出来，捡起地上的狙击枪给后头的敌人吃上一颗狙击子弹。解决敌人的同时整个基地警报声大作，接着就会有非常多的敌人前来攻击玩家，此时最好贴身保护着任务目标，否则很容易被敌人给打挂。基地内的敌人大部份手持突击步枪，因此最好不要吝啬手榴弹，遇到大票敌人围攻时就不要客气。
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成功救出目标人物触发剧情动画，名为Pang的人物除了感谢，还是感谢。但是废话不能多说，后头还有非常多的敌人正在追赶两人，于是赶紧坐上摩托车扬长而去。特别要提醒玩家二点，在骑车离开基地的半路上会经过一个敌人的检查站，玩家必须主动把所有敌人给清光;另外，主角与Pang无法共乘一部摩托车，如果玩家靠近Pang按下手把Y键强行上车，Rico会把目标人物给一拳打挂。
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主角与Pang来到沙漠里头的基地里，为了要取得其它资料必须进入基地作掉军官，取得他身上的记忆卡才能继续任务。这里的敌人数量并不多，但几乎都持有杀伤力强大的突击步枪与左轮手枪，建议玩家从制高点开始往下突袭比较安全。
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抢夺一架直升机飞到下一个目的地后，会触发一段Rico被吹箭击中晕倒的动画。当Rico从昏迷中醒来，却发现他所要找的中间人却是自己的好友Sheldon。对话结束没多久，树林里会杀出大批敌人，因此Rico借用Sheldon的火神炮，待游戏操控权回到玩家手上后就能大开杀戒。
跟着Sheldon杀出一条血路后，Rico当然没忘记这趟的任务目的，Sheldon从PDA里指出了一些情报后随即离开，任务结束。
Agency Mission 4：Mountain Rescue
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接下任务后一旁会有一架事先备好的直升机供玩家使用，目的地四周都会有地对空炮台，只要触发通缉，它们就会自动发射飞弹来攻击玩家。因此到达基地领空