文档介绍：生物化学与生物物理进展尸蛔gress讯B幻ckm括啊n砌曰却^拶b,2006,33(7):616“211日钌蛋白质一蛋白质分子对接方法研究进展枣李春华马晓慧陈慰祖王存新”(北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京100022),蛋白质一蛋白质分子对接包括四个阶段:搜索受体与配体分子间的结合模式,过滤对接结构以排除不合理的结合模式,优化结构,用精细的打分函数评价、,,还分析了目前存在的主要问题,,过滤,打分函数,,如基因的复制、转录、翻译以及细胞周期调控、信号转导、免疫反应等,,,进而预测复合物结构,已成为研究该问题的有力的计算机模拟手段,,欧洲生物信息学中心举办了CAPRI(CriticalAssessmentofPredictionofIntemctions)【”.自2001年开始,迄今已成功进行了9届国际对接竞赛,大大促进了分子对接方法学的研究㈣.目前,一些新的分子对接算法相继推出M,并取得了一系列成功的预测范例∞】.2002年,我们小组作为中国的唯一代表参加了第2届CAPRJ竞赛,并取得了较好的成缵8],之后连续参加了7届【9】.所谓分子对接就是已知两个分子的三维结构,考察它们之间是否可以结合,,可将分子对接分为三种类型:第一种,复合态分子对接(bounddockin曲,对接中两分子均直接取自复合物晶体结构中的相应部分,即复合态(bound)结构;第二种,自由态分子对接(unboullddocbng),顾名思义,这种对接起始于复合物形成前的两个分子的单体结构,即自由态(unbo吼d)结构:第三种,同源分子对接(homolog)rdocking),通常,已知一个分子的三维结构以及另一个分子的一级序列和与其同源的分子结构,需要先模建后一分子的结构,,,因不需要考虑分子的柔性,,受体和配体分子的构象是要发生变化的,因此,,由于一个分子结构的不确定性,,分子对接包括四个阶段:;;,允许氨基酸残基侧链和骨架的运动;d。用精细的打分函数评价、,