文档介绍：网络首发时间：2022-03-09 13:28:12
西北林学院学报网络首发地址：
２０２２. Ｃｏｄｏｎ Ｕｓａｇｅ Ｂｉａｓ ｉｎ ｔｈｅ Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ Ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｓｐｈａｅｒｏｐｈｙｓａ ｓａｌｓｕｌａ
，
ＬＩＡＮＧ Ｘｉａｎｇ－ｌａｎ１，ＧＵＯ Ｓｏｎｇ１２＊
（１．Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｆｏｏｄ ａｎｄ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｇｕａｎｇｘｉ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｎｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｌａｉｂｉｎ ５４６１９９，Ｇｕａｎｇｘｉ，Ｃｈｉｎａ；
２．Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ Ｙａｏ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ，Ｇｕａｎｇｘｉ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
Ｎｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｌａｉｂｉｎ ５４６１９９，Ｇｕａｎｇｘｉ，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｏ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ ｔｈｅ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｐａｔｔｅｒｎ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｓｐｈａｅｒｏｐｈｙｓａ ｓａｌｓｕｌａ，ｔｈｅ ｃｏｄｏｎ
ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ ｏｆ ｔｈｅｓｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｗａｓ ａｎａｌｙｚｅｄ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｃｏｄｏｎ Ｗ １．４．２ａｎｄ ｏｎｌｉｎｅ ｓｏｆｔｗａｒｅ ＣＵＳＰ，
Ｃｈｉｐｓ．Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ａｔ ｔｈｅ ｔｈｉｒｄ ｃｏｄｏｎ ｗａｓ ｔｈｅ ｌｏｗｅｓｔ，ｗｈｉｃｈ ｗａｓ ２７．１４％．
Ａｍｏｎｇ ｔｈｅ ２９ｃｏｄｏｎｓ ｗｉｔｈ ＲＳＣＵ＞１，２８ｅｎｄｅｄ ｗｉｔｈ Ａ／Ｕ，ｉｎｄｉｃａｔｉｎｇ ｔｈａｔ ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｃｏｄｏｎｓ ｉｎ ｃｈｌｏｒｏ－
ｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｔｅｎｄｅｄ ｔｏ ｅｎｄ ｗｉｔｈ Ａ／Ｕ．Ｔｈｅ ａｖｅｒａｇｅ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｃｏｄｏｎｓ ＥＮＣ ｗａｓ ４７．１１０，ａｎｄ ｔｈｅ
ｃｏｄｏｎ ｐｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｗａｓ ｗｅａｋ．ＧＣ１，ＧＣ２ ｈａｄ ｎｏ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ＧＣ３，ｗｈｉｌｅ ＥＮＣ ｈａｄ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ
ｗｉｔｈ ＧＣ３，ａｎｄ ＧＣ３ｈａｄ ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ ｏｎ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ．ＥＮＣ－ｐｌｏｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ＰＲ２－ｐｌｏｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ
ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ ｗａｓ ｍａｉｎｌｙ ａｆｆｅｃ