文档介绍：灰度值和光密度值在免疫组化定量分析
免疫组化技术现在是很成熟的方法，但是对免疫组化照片的分析并没有一个权威的说法。现在可以查到无数篇应用图像分析来分析免疫组化的文献，但几乎没有哪一篇能详细地叙述分析的过程与方法。
HSI 模式，选择 H:0-30,S:0-255,I:0- file--
save。HSI 的选择X围是可以根据图片情况作微调的。保存这个选色设置。一般放在图片的保存文件夹里。默认的保存文件是。
3. 设置分析环境。
一个是 select measurement。要选择 IOD。另外默认的选择area 都是要测量的。
对 area 的过滤值，默认为10，实际上还可以大点，设置到
以把那些小的杂质点去掉。
25 甚至 50 也行，可
另一个是 option:
outline :filled
label style :none
dark background on sample :no
smoothing=1
filled hole:on
clean border : none
保存分析环境。
在 count/size窗口中点 file save settings。保存环境设置文件。
测量
irregular 工具画出测量区域。
这里很关键的一点就是如何画这个测量区域。
最普通的情况下，要测量整X照片的光密度，就不必画这个测量区域了。此时会测量照片上全部被选中的黄色的光密度总和（ IOD SUM），面积就是照片的面积。
如果你拍摄的照片上，有个角正处于切片边缘，没有细胞，这就需要把这个角上的空白面积给扣掉了，此时画的“测量区域”就应该沿着样品的边缘来画。
另一种情况是，要测量一个癌巢里的蛋白表达，边上正常组织上的表达不算。这时候就要沿着这个癌巢的边界画这个“测量区域”。
点 count 按纽。完事。测量数据在 view statistics 窗口中，读取 IOD SUM数值，作为这X照片的累积光密度值。其他的数值都是没用的。
如果你用 irregular 工具画了一个“测量区域”，那点 count 时，程序会只测量“测量区域”内的 IOD。外面的不管。
在测量数据中显示的 area 是黄色部分的面积。在很多情况下，这个面积值意义不大。
测量面积。
通常我们需要测量的是一个平均光密度（ mean density ）而不是积分光密度 (IOD) 。上一步已经测量了 IOD，现在就要测量 area 了，再说一遍，上一步的测量数据里的 area 在通常情况下并不是正确的 area 。
如果测量的是整X照片， area 就是照片的面积。如果用 irregular 画了“测量区域”，area 就是这个测量区域的面积。此时只要在 count/size 窗口中点 edit