文档介绍：R语言及Bioconductor
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第四章 Bioconductor简介 1
什么是Bioconductor 2
R语言及Bioconductor
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第四章 Bioconductor简介 1
什么是Bioconductor 2
Bioconductor的起源 2
Bioconductor主要特点 2
Bioconductor包的分类介绍 5
三大板块分类介绍 5
软件包的进一步介绍 6
按照应用领域分类 9
从R到Bioconductor的跨越：Biostrings， BiomaRt以及AnnotationDbi包 12
应用Biostrings处理生物序列 13
应用BiomaRt获取实验数据与注释信息 21
应用AnnotationDbi生成注释包 27
参考文献： 32
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第五章Bioconductor分析基因芯片数据
快速入门 2
基因芯片基础知识 3
探针组 3
主要的芯片文件格式 4
基因芯片数据预处理 5
数据输入 6
质量控制 7
背景校正、标准化和汇总 17
预处理的一体化算法 20
基因芯片数据分析 24
选取差异表达基因 24
注释 27
统计分析及可视化 28
芯片处理实际课题一 39
课题背景 39
数据集与预处理 40
R程序与代码讲解 41
芯片处理实际课题二 42
课题背景 42
数据集与处理过程 43
R程序与代码讲解 43
芯片处理实际课题三 44
课题背景 44
数据集与处理过程 45
R程序与代码讲解 46
参考文献： 48
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第六章 Bioconductor分析RNA-seq数据 4
4
4
4
5
5
9
12
RNA-seq技术的特点 16
RNA-seq对芯片的优势 16
RNA-seq存在的问题 17
RNA-seq数据预处理 18
质量控制 18
读段清理 22
转录组组装 25
转录组定量和标准化 25
线性相关系数 27
RNA-seq数据分析 28
28
RNA-seq数据的其它分析 31
参考文献： 31
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