文档介绍：生物基因组序列比对分析
基因分子进化分析步骤
（1）以目的基因为种子序列，搜索其在其它物种中的同源序列
（2）将上述同源基因的核酸或蛋白序列作序列比对，Clustal X
，避免酸碱或其他变性因素使DNA变性。
搅动不要太大，以免使DNA断裂。
整个实验过程应在低温条件下进行。
搅拌时动作要轻，反复倒置抽提，不可激烈振荡。
加入15% SDS时要慢，边搅边滴加（两人配合）。
SDS的温度不能太低，易凝固。吸过SDS的吸管要及时清洗。
加入CHCl3/IAA液离心后，分为三层，由上到下为：无机相-蛋白相-有机相。DNA溶解在无机相中，吸取无机相时动作要轻，不要吸到蛋白相。
CHCl3/IAA会溶解有机玻璃，用完后不能竖直放置在试管架上，必须冲洗干净。
离心机的使用
打开电源开关；
平衡放置离心管；盖上盖子。
调节时间旋钮至10min；
缓慢调节速度旋钮至9档，每5-10s上升1档；
离心完毕后机器自动停止，待完全停止后，打开盖子取出离心管。
离心管必须平衡后，才能启动离心机；
离心机的盖子必须盖紧；
离心过程中不要用重物撞击离心机；
要等离心机完全停止转动后再打开盖子。
二苯***显色法测定DNA含量
DNA的α-脱氧核糖在酸性条件下转变成ω-羟基-r***基戊醛，与二苯***共热后形成蓝色化合物，该化合物在595nm处最大吸收。
每ml含20－400µg范围内光密度与DNA的浓度成正比。反应液中加入少量乙醛，可提高反应的灵敏度。
实验原理
取8支试管，按实验指导的表格加入试剂。
加毕置沸水浴10分钟，取出冷却；以0号管（空白管）调零点，于595nm波长比色。
以光密度为纵坐标，DNA含量（µg/ml）为横坐标，绘制标准曲线.
将实验中所得到的兔肝DNA溶液作为待测样品，取两只试管，分别标“U”和“B”，按表加入试剂。
混匀，置沸水中10min, 取出冷却。
在595nm处，以B管调零，测得待测液的光密度值，从标准曲线上查出相当于该光密度值DNA的含量。
实验操作
核酸在220-320nm处呈特征性吸收，在260nm处有最大吸收，测A260/A280可得知核酸的大致纯度。
A260/A280 ≈ 表示DNA纯
> RNA含量高
< 蛋白含量高
核酸紫外吸收光谱的测定
双波长分光光度计，该种机采用两个光源，可在可见光和紫外区对物质进行分析，钨丝灯发出光的适宜范围在360－1000nm，氘灯发出光的适宜范围在150－400nm。 通过两种光源的切换，可以在两种波长范围内使用。
使用石英杯作为比色杯。
岛津UV-120分光光度计
打开电源，指示灯亮，调至UV，打开样品室盖
打开氘灯（向下按至Heat几秒后扳至ON）
预热10min
调节波长、灵敏度
旋扭调至“0-100%T”，放入空白管与样品，调0% T
盖上盖子，旋扭调至“ABS 0-2”，调0% A
拉出样品，读数。开盖，记录。
岛津UV-120使用方法
NaOH 为空白管，在260nm和280nm波长处测定样品液的吸光度，求出样品液的A260/A280比值和DNA浓度。
实验操作
第三部分：目的基因SNP位点的鉴定及其意义
SNP(single nucleotide polymophism) 即单核苷酸多态，是指群体中变异频率大于1 %的单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态，包括置换、颠换、缺失和插入。
一般来说，一个 SNP 位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较高，大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。
…C C A T T G A C...
…G G T A A C T G...
…C C G T T G A C...
…G G C A A C T G...
SNP对基因功能影响
根据在基因中的位置，SNP 可分为基因编码区SNP(coding SNP, cSNP)、基因内含子区SNP和基因调控区SNP(regulatory SNP, rSNP)。其中cSNP根据是否改变编码的氨基酸又可分为同义cSNP (synonymou