文档介绍：开题报告
指导老师：谭钟扬教授
学生：吴晓龙
2022
研究课题：
简单重复序列在疱疹病毒基因组中的分布 及其对基因组进化的影响
报告内容
简单重复序列介绍
研究内容
已完成的工作
下一步展望
开题报告
指导老师：谭钟扬教授
学生：吴晓龙
2022
研究课题：
简单重复序列在疱疹病毒基因组中的分布 及其对基因组进化的影响
报告内容
简单重复序列介绍
研究内容
已完成的工作
下一步展望
一、简单重复序列
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SSRs
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简单重复序列(Simple Sequence Repeats，SSRs)也称微卫星序列(Microsatellites)或短串联重复序列(Short Tandem Repeats，STRs)，是由1-6个碱基对组成的串联重复DN***段。SSRs在真核和原核生物的基因组中分布广泛、数量丰富, 并具有较高的突变频率。
如: (A)n、 (ACG)n、(ATCG)n、(ACCCTT)n
Important characteristics of SSRs
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SSRs的突变机制
SSRs普遍存在于基因序列中，且曾经一度被认为是基因中“junk〞，不具有生物功能。然而，随着近几十年的研究发现，简单重复序列在序列中的分布不是随机的，且有重要的生物功能。同时发现许多神经方面的疾病的发生与简单重复序列的突变有关，但对于简单重复序列的在序列中的突变机制，研究者们还不是很清楚。在最近几十年中，随着对简单重复序列认识的不断的深入，研究者提出了以下多种主要的用于揭示SSRs突变机制的假设： 1、滑动突变机制; 2、重组机制；3、不对等交换机制；3、逆转录机制；。在这四种突变理论中，滑动突变理论被认为是简单重复序列突变的最主要的机制。
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Replication slippage
Ellegren H. 2022. Microsatellites: simple sequences with complex evolution. NAT REV GENET. 5:435-445.
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Recombination
Gemayel, R., Vinces, M., Legendre, M., Verstrepen, J. 2022. Variable Tandem Repeats Accelerate Evolution of Coding and Regulatory Sequences. Annu. Rev. Genet. 44:445–77.
The distribution of SSRs in a gene
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The function of SSRs
Li, Y., Korol, ., Fahima, T., Nevo, E. 2022. Microsatellites Within Genes: Structure, Function, and Evolution. Mol. Biol. Evol. 21, 991–1007.
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The relationship between SSRs and human disease
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SSRs作用
常用的一种分子标记。在多数情况下，微卫星标记没有任何表型效应，因而不存在对个体的有害或次级效应。 
 遗传图谱构建。
微卫星标记还可应用于疾病的基因诊断、性别控制、保护遗传学等方面。
相信随着人们对微卫星标记认识的不断深入与完善，它必将成为遗传育种研究领域的一种强有力的工具,发挥其独特的优势。
一、背景介绍及选材
Order
Family
Subfamily
Species
Herpesvirales
Alloherpesviridae
7/12
Herpesviridae
Alphaherpesvirinae
22/37
Betaherpesvirinae
14/18
Gammaherpesvirinae
12/32
Malacoherpesviridae
1/2
形态学特征
G：genome或core，是一条线状双链DNA。
C： capsid，衣壳是病毒粒的主要支架结构和抗原成分，有保护核酸等作用。
T： tegument，内膜是出现在疱疹病毒衣壳和包膜之间无特定形态的蛋白质。
E： envelope，核心壳外还被一层含蛋白质或糖蛋白的类脂双层膜覆盖着，这层膜称为包膜。包膜中的类脂来自宿主细胞膜。与该病毒的宿主专一性和侵入等功能有关。
基因组
基因组大小： 125 ~ 295 kbp.
G+C 含量： 32 ~ 75%.
因为基因组中存在很多