文档介绍：肝癌原发灶及胆管癌栓样本
差异基因表达谱的分析
东方肝胆外科医院胆道一科谭蔚锋罗祥基姜小清
第六届中国肿瘤学术大会
现状
合并胆管癌栓(Bile duct tumor thrombi,BDT)的肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)%~%。据此推算,我国每年合并胆管癌栓的肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma with bile duct tumor thrombi,HCCBDT)的新发病例约为5000~15000人,因此,BDT发生率相对较低,但是罹患者的绝对数量较大。
第六届中国肿瘤学术大会
中的一种特殊类型,它具有很强的侵袭和转移能力,术后早期复发和转移率高,术后1年复发率高达50%,5年生存率在20%左右,总体预后差,该病疗效亟待改善。
第六届中国肿瘤学术大会
4例原发性肝癌伴胆管癌栓患者, 男性3例,女性1例,均经手术切除肝癌原发灶,并切开胆管取出癌栓。
材料和方法:
第六届中国肿瘤学术大会
采用GIBCOBRC 公司Trizol试剂盒及其方法抽提肝(肝癌)组织总RNA,采用RNeaSy Mini试剂盒及其操作手册方法纯化RNA。核酸定量后,采用美国Agilent公司的Whole Human Genome Oligo Microarray芯片和有关试剂盒及其方法,样本RNA使用cy3荧光标记后检测肝癌原发灶和胆管癌栓样本中等量RNA的转录水平。
材料和方法:
第六届中国肿瘤学术大会
差异基因筛选:4组数据进行配对t检验,1-sample t-test。P-value< fold change >2 or <。我们定义fold change为胆管癌栓/癌原发灶,比值取2的对数后大于1为上调基因,比值小于1为下调基因。
材料和方法:
第六届中国肿瘤学术大会
与GeneBank比对,随机选择其中的差异表达基因,采用RT-PCR进行验证
材料和方法:
第六届中国肿瘤学术大会
结果:
Agilent公司Whole Human Genome Oligo Microarray 芯片共捡测41000个人类基因,共筛选到150个差异表达基因(其中胆管癌栓样本中49个基因上调,101个基因下调,P<)。
散点图
第六届中国肿瘤学术大会
Gene Ontology分析
通过使用GO (Gene Ontology)分析方法结合国外文献相关报道,分别按照生物学过程(biological process),细胞组分(ponent),分子功能(molecular function)三种独立的方式对这些差异基因进行分类。并发现生物学过程分类中,差异基因与developmental process, cell adhesion, defense response, inflammatory response, secretion;在细胞组分分类中,与extracellular region;在分子功能分类中,与carbohydrate binding, protein binding, transferase activity, transferring acyl groups, glycosaminoglycan(糖胺聚糖) binding显著相关,p<。这些结果提示我们差异表达基因可能通过影响细胞的粘附、炎症反应等具体生物学功能参与肝癌中胆管癌栓的发生发展过程。