文档介绍：R语言与统计分析
R语言与统计分析
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什么是R？
The R Project for Statistical Computing
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Getting St全部数据处理在内存中进行，不适于处理超大规模数据。
运行速度稍慢
即时编译，约相当于C语言1/20。
相比点击鼠标进行操作，R仍能够大大提升效率。
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CRAN
The Comprehensive R Archive Network
简称CRAN，由世界几十个镜像网站组成网络，提供下载安装程序和对应软件包。各镜像更新频率普通为1-2天
推荐镜像：
中国镜像:数学所
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即时更新CRAN源
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Windows下载和安装R
CRAN: Binaries>Windows>base
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R登陆界面(Windows版)
菜单栏
快捷按钮
控制台
光标:等候输入
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图 5 R Gui File菜单
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图 6 R Gui Edit菜单
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R Gui Packages菜单
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图 8 R Gui Help菜单
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R程序包（R Packages）
程序包是什么？
R程序包是多个函数集合，含有详细说明和示例。
Window下R程序包是经过编译zip包。
每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。
为何要安装程序包？
R程序包是R功效扩展，特定分析功效，需要用对应程序包实现。
比如：系统发育分析，常见到ape程序包，群落生态学vegan包等。
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常见R程序包(I)
ade4
利用欧几里得方法进行生态学数据分析
adephylo
系统进化数据挖掘与比较方法
ape
系统发育与进化分析
apTreeshape
进化树分析
boot
Bootstrap检验
cluster
聚类分析
ecodist
生态学数据相异性分析
FD
功效多样性分析
geiger
物种形成速率与进化分析
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常见R程序包(II)
Graphics
绘图
lattice
栅格图
maptools
空间对象读取和处理
mefa
生态学和生物地理学多元数据处理
mgcv
广义加性模型相关
mvpart
多变量分解
nlme
线性及非线性混合效应模型
ouch
系统发育比较
pgirmess
生态学数据分析
phangorn
系统发育分析
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常见R程序包(III)
picante
群落系统发育多样性分析
raster
栅格数据分析与处理
seqinr
DNA序列分析
sp
空间数据处理
spatstat
空间点格局分析，模型拟合与检验
splancs
空间与时空点格局分析
stats
R统计学包
SDMTools
物种分布模型工具
vegan
植物与植物群落排序，生物多样性计算
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vegan包页面
三种平台上程序包
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R程序包
普通Cran提供三种版本安装包，开发版本、发行版、以前版本。下载发行版本比较安全稳定。
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安装程序包方法
1 直接用R上菜单里面快捷键选择镜像后安装。
2 用函数 ()，
假如已经连接到互联网，在括号中输入要安装程序包名称，选择镜像后，程序将自动下载并安装程序包。
比如： 要安装picante包,在控制台中输入
("picante")
3 安装当地zip包
路径：Packages>install packages from local files
选择当地磁盘上存放zip包文件夹。
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程序包使用
程序包中函数，都要先导入，再使用，所以导入程序包是第一步。
在控制台中输入以下命令：
程序包内函数使用方法与R内置基础函数使用方法一样。