文档介绍：: .
GUI 窗口（Internal GUI)。
Viewer 自身包含一个命令行（如图中左下方的 PyMOL>提示符），可以用来输入 Pymol 命令；在
Inernal GUI 中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。External GUI 则包含一个标准菜单、
一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮。请注意，标准的“复制、剪切和粘
贴”操作只能在 External GUI 中完成，并且必须使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X 以及 Ctrl＋V”来完成，这也
是这个所谓的外部 GUI 的最重要的优点。
加载文件，有二种方法：
1. 在 External GUI 中选择 File － Open
2. 使用命令行：
load <filename>
例如我们现在从 上下载了一个离子通道蛋白的 pdb 文件（PENTAMERIC
LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI），名字为 ，然后
用 pymol 打开它：
load 2vl0该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图：
基本的图像操作:
是不是觉得上面的那个三维结构图看起来乱七八糟的阿，那是因为蛋白质分子都是由成千上万个原
子组成的，而 Pymol 打开 pdb 文件时是默认把所有的原子都显示在那个小小的 Viewer 窗口里面的，
当然看起来就很乱了。这时候就需要我们对这个图像进行一些操作，来得到漂亮的清晰的蛋白质三
维结构图。
先说说鼠标吧。
任意旋转图像： 对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。
放大/缩小图像： 对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是
放大。
移动图像： 对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。
设定图像旋转中心： Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。
移动剪切平面： Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调整前剪切平面（离你近的）；鼠标左
右移动：调整后剪切平面（离你远的）。最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。配合下面的示意图你会发现 Pymol 的这
项设定其实很方便。
今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用 cartoon 的
形式显示了上面的那个蛋白质，不过还比较难看。。。Pymol 学（三）：基础 Pymol 命令
这里主要介绍一下 Pymol 的一些基本命令操作。就像 Linux 一样，要想更好的操作 Pymol，
掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol 是区分大小写的，不过目前为止 Pymol 还是只用小写，
所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
当你开始用 Pymol来完成一个项目时，你也许想会让 Pymol自动保存你所有输入过的命令，
以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个 log 文件来达到，，
记住，Pymol 像 Linux 一样支持 Tab 键命令补全：
Pymol> log_open log-file-
如果你想终止记录，只需要键入：