文档介绍：PCR-单链构型多态性分析
Single Strand Conformation Polymorphism, SSCP
什么是PCR-SSCP?
PCR-SSCP是在完成靶DNA的PCR扩增之后进行单链DNA多态性分析的一种新方法。将单链的扩增DNA或组织基因组DNA通过中性的聚丙烯酰胺凝胶电泳,根据其电泳位置的改变可分辨出单个碱基的改变。
SSCP原理
在SSCP凝胶中电泳时,单链DNA的泳动速率主要取决于二级空间结构,因此若DNA片段中碱基发生突变,将会引起单链DNA二级空间结构的改变,使SSCP凝胶上出现异常移动的电泳带(即SSCP 阳性)。
PCR-SSCP 操作步骤
1.  常规PCR扩增DNA片段或其他被标DNA片段的提取。
2.  将提取的DNA在20l变性溶液(95%甲酰胺、1mmol/L EDTA, %溴酚蓝、%二甲苯青),95℃ 10分钟,冰浴3分钟。
3.  将混合液加到中性的聚丙烯酰胺凝胶板孔中,在含1xTBE的电泳液中,电泳。
4.  将凝胶中DNA片段转移到硝酸纤维薄膜上,烘干后以放射自显影拍摄记录。或银染色
银染原理
根据核酸分子带有多个氨基和亚氨基,一定条件下可以与银离子结合,在甲醛等还原剂的作用下,形成黑或褐色的银沉淀条带。
银染过程
凝胶
10%乙酸、30%乙醇固定10min
%AgNO3 染色10min
%碳酸钠-%甲醛显色
1%乙酸终止
dH2O漂洗
dH2O漂洗两次
dH2O漂洗两次
影响PCR-SSCP的因素

:(1)丙烯酰胺的浓度
(2)交联剂的浓度
(3)电泳的物理环境
(4)甘油浓度
PCR-SSCP与RFLP比较
无需特殊的限制性内切酶作用
可测出理论上任何一个碱基突变位点
操作简便,无需特殊的仪器设备及试剂
电泳条件的改变容易影响SSCP