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文档介绍：蛋白相互作用数据库
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生物学背景知识
从DNA到蛋白质:
Protein
RNA
DNA
转录
翻译
AACTATTGATGAA
PEPTIDE
AACUAUUGAUGAA
蛋白质是由多种氨基酸按特定的排列顺序通过肽键连接成有一定结构的高分子化合物。
随着后基因组时代的到来,蛋白质研究变得更加广泛而深入,同时蛋白质与蛋白质相互作用(protein—protein interaction, PPI )的重要性也越来越受到重视。
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蛋白质是生命活动的主要执行者, 从遗传物质复制到基因表达调控, 从细胞信号转导到新陈代谢, 从生物体生长繁殖到细胞凋亡或坏死, 蛋白质相互作用均在其中扮演了重要角色。因此, 研究蛋白质之间如何通过相互作用形成分子间调控网络, 包括遗传调控途径、新陈代谢途径和信号传导途径, 具有重要的生物学意义, 它将不仅有助于从系统角度进一步理解各种生物学过程, 还能广泛应用于探索疾病的发生机制,预测和评价相应的治疗手段, 同时还可以寻找新的药物靶标, 为新药研发开辟道路。
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近几年, 利用高通量筛选、计算方法预测、文献挖掘等技术产生了海量PPI数据, 、管理 PPI数据, 如何深入分析、充分利用 PPI数据, 已成为生物信息学的一个重要课题。随着 PPI数据的增长, 一些内容丰富、不断扩大更新的蛋白质相互作用数据库(PPI Database)已经应运而生, 成为蛋白质相互作用网络构建和生物学通路分析的主要资源, 也是蛋白质功能研究的有效平台和辅助手段
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蛋白质组相互作用数据库
数据库名
说明
网址
BIND
生物分子相互作用数据库
/
DIP
蛋白质相互作用数据库
-/
IntAct
蛋白质相互作用数据库
/intact/
InterDom
结构域相互作用数据库
http://interdom..sg/
MINT
生物分子相互作用数据库
/
STRING
蛋白质相互作用网络数据库
/
HPRD
人类蛋白质参考数据库
/
MPPI
脯乳动物相互作用数据库
/
biogrid
蛋白和遗传相互作用数据,主要来自于酵母、线虫、果蝇和人
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PDZbase
包含PDZ结构域的蛋白质相互作用数据库

Reactome
生物学通路的辅助知识库
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数据库比较:数据量
Suresh Mathivanan An evaluation of human protein-protein interaction data in the public domain. BMC Bioinformatics 2006,7
蛋白相互作用数据库——HPRD
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HPRD ( human protein reference database ) 数据库是包含蛋白质注释、PPI、转录后修饰、亚细胞定位等多种信息的综合数据库。该数据库只收录人的 PPIs,目前已包含30000多个蛋白质和39000多条相互作用信息,是来源于文献挖掘的最大的人PPI数据库。
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